基于Tiling Array的擬南芥基因結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、本文是和美國邁阿密大學(xué)植物科學(xué)系Dr．Q．Quinn Li合作，基于該課題組提供的植物擬南芥不同的細(xì)胞類型下的野生，突變，互補(bǔ)，DNA四種類型的轉(zhuǎn)錄樣本數(shù)據(jù)以及對其轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)的研究成果，借助基因相關(guān)軟件、應(yīng)用計(jì)算機(jī)和數(shù)學(xué)算法對基因組再注釋進(jìn)行研究。在對尋找新基因算法、預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能的算法以及數(shù)據(jù)的可視化分析和研究領(lǐng)域中，從大量的、不完全的、有噪聲的、模糊的、隨機(jī)的數(shù)據(jù)中提取有用信息和知識，找到基因組序列中代表蛋白質(zhì)和RNA基因的編碼

2、區(qū)，同時(shí)闡明基因中大量存在的非編碼區(qū)的信息實(shí)質(zhì)，一直是一個(gè)饒有趣味并富有挑戰(zhàn)性的課題。隨著生物學(xué)與生物信息學(xué)的發(fā)展，基因片段分割作為基因結(jié)構(gòu)分析重要的前期工作也越來越受到更多人的關(guān)注，對基因片段分割的精確性以及有效性提出了更高的要求。而通過比較已知全基因組注釋文件判斷基因編碼的起止位置，以及內(nèi)含子和外顯子的分割邊界，通過數(shù)據(jù)可視化效果來驗(yàn)證基因片段分割的精確性以及有效性，這在基因功能和轉(zhuǎn)錄本分析中有重要的應(yīng)用意義。但由于生物芯片本身存在

3、的缺陷和噪聲干擾以及真核細(xì)胞基因結(jié)構(gòu)表現(xiàn)出分散性、多樣性以及復(fù)雜性的特點(diǎn)，所以對基因結(jié)構(gòu)分析中未知元素造成的誤差以及選擇一個(gè)最佳的停止標(biāo)準(zhǔn)認(rèn)識十分有限，以及存在序列分割或比對過程中耗損的時(shí)間過長、效率不夠等問題。至今還沒有看到利用Tiling Array芯片雜交反應(yīng)后的數(shù)據(jù)分析擬南芥基因結(jié)構(gòu)的正式文獻(xiàn)報(bào)道。 本論文通過各種生物信息處理軟件和數(shù)學(xué)算法，探索擬南芥基因結(jié)構(gòu)分析的有效方法和數(shù)據(jù)可視化實(shí)現(xiàn)。本文首先結(jié)合Partek軟件