利用SeqAs進行擬南芥和水稻部分功能基因的比較分析.pdf

1、比較基因組學(xué)是后基因組時代基因組研究的一項重要內(nèi)容.面對比較基因組學(xué)中龐大而復(fù)雜的基因組數(shù)據(jù),建立一個合適的基因組分析工具不僅能起到有效的輔助作用,而且可以相當顯著地提高工作效率. 該研究根據(jù)需要,設(shè)計和開發(fā)了"SeqAs"序列分析軟件,軟件主體部分共有20個模塊,涉及序列編輯、氨基酸翻譯、在線Blast比對、序列數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計等.軟件的分析輔助功能較為全面,與同類軟件相比, 該軟件最顯著的特點就是能進行同源性比對分析時多個序列數(shù)據(jù)庫和比對

2、結(jié)果數(shù)據(jù)集的瀏覽、查詢和數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析.軟件運行穩(wěn)定、界面友好、通用性較強. 該研究中利用多種植物的數(shù)據(jù)庫,特別是擬南芥的基因組數(shù)據(jù)庫和GeneBank的核酸、Swiss-prot的蛋白質(zhì)以及EST數(shù)據(jù)庫,結(jié)合較可靠的基因預(yù)測軟件FgeneSH及自行設(shè)計開發(fā)的序列分析軟件"SeqAs",對擬南芥和粳稻基因組中與部分信號傳導(dǎo)、代謝、蛋白質(zhì)合成、細胞生長和細胞分裂有關(guān)的5類基因作了同源性比較分析,分析結(jié)果表明這5類239個擬南芥基因在粳稻基

3、因組中僅有54個基因能找到一定程度的同源性,同源率為22.6％,同源程度相對較低.在這5類基因中,同源程度從高到低依次為"蛋白質(zhì)合成">"細胞生長">"代謝">"細胞分裂">"部分信號傳導(dǎo)",它們的同源率分別為100％、80％、52.2％、44.4％和6.9％.另外,在DNA水平上具有很高同源性的(E值≤1E-30)序列有14條,較高的(1E-4≤E值<1E-10)有16條,較低的(E值>1E-4)有16條;在氨基酸水平上,同源程度很高