從mtDNA控制區(qū)部分序列探討勺雞種群的遺傳結(jié)構(gòu).pdf

1、勺雞(Pucrasiamacrolopha)屬雞形目，勺雞屬，國家二級重點(diǎn)保護(hù)動物，目前正面臨著棲息地喪失和人類活動的嚴(yán)重威脅。為了有效保護(hù)該物種，必須全面了解種群的結(jié)構(gòu)、進(jìn)化歷史和分布區(qū)內(nèi)的遺傳多樣性。 本研究采用非損傷性取樣方法，從館藏勺雞剝制標(biāo)本的皮膚組織和羽毛中抽提總DNA，并擴(kuò)增mtDNA控制區(qū)548bp基因片段作為分子標(biāo)記。抽提步驟參照真核基因組DNA提取方法，消化前用無水乙醇和浸泡液浸泡皮膚組織和羽毛。這種預(yù)處理既

2、有效去除了標(biāo)本表面的污染，又縮短消化時(shí)間、提高消化效率。從兩個(gè)地理單元種群的10個(gè)標(biāo)本(金寨種群8個(gè)標(biāo)本，皖南種群2個(gè)標(biāo)本)和金寨種群的一個(gè)新鮮樣中成功擴(kuò)增出mtDNA控制區(qū)548bp基因片段，經(jīng)測序和比對，有18個(gè)變異位點(diǎn)，12個(gè)轉(zhuǎn)換，6個(gè)顛換，一個(gè)缺失位點(diǎn)。兩個(gè)地理單元間存在8種單倍型，其中金寨地理種群有6種單倍型，單倍型多態(tài)性為0.67，核苷酸多態(tài)性為0.00335±0.00104；皖南地理種群有2種單倍型，單倍型多態(tài)性為1.00

3、0，核苷酸多態(tài)性為0.01825±0.00912，各地理單元間不存在共享的單倍型。進(jìn)一步研究表明，82.36％遺傳差異發(fā)生在地理單元間，17.64％的遺傳差異發(fā)生在地理單元內(nèi)。兩種群的基因流為(Nm)0.6，地理單元間分化水平Fst(F-statistics)為0.292，表明兩個(gè)種群分化水平不高，種群間的遺傳分化不明顯(P＞0.1，F(xiàn)u'Fs=-1.38389)，推測勺雞種群可能受第四紀(jì)冰期的影響，經(jīng)歷了近期的遺傳變異。從NJ、MP樹