蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的計算機模擬.pdf

1、本文對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的計算機模擬進行了研究。主要內(nèi)容如下： 1．利用全原子分子動力學在顯式水環(huán)境中模擬了不同溫度下耐熱性鄰苯二酚雙加氧酶分子及其突變體P228S的動力學過程。通過分析與結(jié)構(gòu)熵相關(guān)的多弛豫指數(shù)從微觀上揭示了兩者熱穩(wěn)定性的差異。針對TC230表面富含帶凈電菏殘基的特征，結(jié)合求解線性Poisson方程的方法得出蛋白整體靜電勢，在一定程度上闡釋了TC230依靠表面靜電勢提高蛋白質(zhì)熱穩(wěn)定性的機制。 2．通過彈性網(wǎng)

2、絡(luò)模型簡單分析了霍亂毒素的柔性及預測了可能的低頻運動模式。使用全原子分子動力學模擬了霍亂毒素B子單元的結(jié)合位點的柔性，并利用FEP的方法汁算了單配體與單個B子單元在水溶液中的結(jié)合自由能，在定量上較好的與實驗結(jié)果相符。 3．利用分子動力學方法結(jié)合粗粒度的OPEP勢場對β2微球蛋白83-89片斷的聚集現(xiàn)象進行了1.6μs的模擬。對8聚體的模擬得出了明顯的β結(jié)構(gòu)聚集的傾向。利用主成分分析方法及與成核相關(guān)的理論對模擬中出現(xiàn)的構(gòu)型進行了分