食管癌高風(fēng)險(xiǎn)SNP在高危人群預(yù)警中的意義.pdf

1、目的：食管癌（EC）是全球范圍內(nèi)排名第六的惡性腫瘤，在癌癥相關(guān)致死性腫瘤中位居第四位，預(yù)后極差，中晚期 EC的5年生存率僅為15％-25%。中國(guó)是世界上食管癌發(fā)病率和死亡率最高的國(guó)家之一，全球每年新增食管癌患者超過(guò)50萬(wàn)例，其中一半以上發(fā)生在中國(guó)。但是目前可以運(yùn)用于食管癌早期診斷和人群篩查的手段非常有限，各種胃鏡技術(shù)的開展對(duì)食管癌的早期診斷有重要貢獻(xiàn)。但是使用胃鏡普查有很多局限性：其一胃鏡對(duì)醫(yī)師操作經(jīng)驗(yàn)的高要求和病人自身的耐受性差等問題

2、；其次為胃鏡活檢在無(wú)癥狀人群中操作的盲目性和不規(guī)范現(xiàn)象；再次胃鏡在無(wú)癥狀人群篩查中食管癌及癌前病變的檢出率均較低[2]，這使得該項(xiàng)檢測(cè)手段很難在食管癌高發(fā)區(qū)的無(wú)癥狀人群中大范圍開展。如何找到一項(xiàng)無(wú)創(chuàng)性的食管癌檢測(cè)手段，即對(duì)于預(yù)測(cè)食管癌患病風(fēng)險(xiǎn)具有較高特異性和敏感性的分子靶標(biāo)對(duì)食管癌的早期發(fā)現(xiàn)、高危人群預(yù)警和精準(zhǔn)篩查都具有十分重要的意義。食管癌的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）是從遺傳因素方面對(duì)食管癌發(fā)病機(jī)制的研究，迄今為止已發(fā)現(xiàn)多個(gè)單核苷酸

3、多態(tài)性（SNP）及相關(guān)易感基因與食管癌（EC）高風(fēng)險(xiǎn)易感性有密切關(guān)系[3-5]。但是已被發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn)均未能在臨床實(shí)踐中得到廣泛應(yīng)用，如何利用這些易感SNP位點(diǎn)建立食管癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的分子學(xué)指標(biāo)是后GWAS時(shí)代的重要課題。本課題組著重在食管癌遺傳學(xué)方向進(jìn)行研究，試圖建立高發(fā)區(qū)醫(yī)院患者和無(wú)癥狀人群隊(duì)列，對(duì)入組患者或人群均進(jìn)行食管癌高風(fēng)險(xiǎn)SNP檢測(cè)并計(jì)算遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（GRS），通過(guò)定期胃鏡檢查和長(zhǎng)期隨訪，探索GRS與食管癌發(fā)病的關(guān)系，驗(yàn)證

4、SNP對(duì)食管癌高風(fēng)險(xiǎn)預(yù)警的價(jià)值，以期為臨床食管癌的早期診斷和普查提供適宜的分子指標(biāo)。本研究主要內(nèi)容為建立高發(fā)區(qū)醫(yī)院門診患者和高發(fā)區(qū)無(wú)癥狀人群兩組隊(duì)列，完成入組對(duì)象的SNP檢測(cè)和GRS計(jì)算，然后初步分析兩組隊(duì)列的GRS分布差異，明確SNP對(duì)高危人群預(yù)警中的作用，旨在為課題后續(xù)研究提供可行性依據(jù)。
　　方法：⑴醫(yī)院門診患者隊(duì)列來(lái)源于河南省安陽(yáng)市腫瘤醫(yī)院、山西長(zhǎng)治醫(yī)學(xué)院附屬和平醫(yī)院和河北省磁縣人民醫(yī)院門診胃鏡患者（2012-2014年）

5、。所有研究對(duì)象均為漢族人，且均為中國(guó)食管癌高發(fā)區(qū)居民。共入組1834例患者，其中男性879例，女性955例，男女比例為0.92:1；平均年齡為52±12歲，中位年齡為53歲，年齡范圍18-86歲。在1834例研究對(duì)象中，共1503例人群檢測(cè)到SNP位點(diǎn)的完整數(shù)據(jù)，其中男性708例，女性795例，男女比例為0.89:1；平均年齡為53±12歲，中位年齡為53歲，年齡范圍23-86歲。⑵該隊(duì)列來(lái)源于河南省食管癌重點(diǎn)開放實(shí)驗(yàn)室下鄉(xiāng)流行病學(xué)調(diào)查

6、結(jié)果，均為河南省新鄉(xiāng)市輝縣區(qū)域內(nèi)無(wú)癥狀人群。研究對(duì)象共3157例，其中男性1484例，女性1673例，男性比例為0.89:1；平均年齡為56±9歲，中位年齡為56歲，年齡范圍23-86歲。在3157例研究對(duì)象中，共3147例人群檢測(cè)到SNPs位點(diǎn)的完整數(shù)據(jù)，其中男性1477例，女性1670例，男女比例為0.88:1；平均年齡為56±9歲，中位年齡為56歲，年齡范圍23-86歲。所有患者均為漢族人，且為食管癌高發(fā)區(qū)人群。⑶在現(xiàn)場(chǎng)對(duì)研究對(duì)象

7、進(jìn)行流行病學(xué)調(diào)查問卷，包括其年齡、地址、職業(yè)、吸煙、飲酒和家族史等基本情況；所有入選對(duì)象均抽取3-5ml外周靜脈血于 EDTA抗凝或枸椽酸鈉抗凝管收集后迅速置于-20℃冰箱冷藏，為后續(xù) DNA提取和SNP檢測(cè)做準(zhǔn)備。⑷首先納入本課題組 GWAS研究發(fā)現(xiàn)的9個(gè) SNP位點(diǎn)，再對(duì)本室前期GWAS數(shù)據(jù)進(jìn)行imputation分析，與2010.1-2013.12期間基于中國(guó)人群的食管癌GWAS研究所發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn)交叉對(duì)比，去除文獻(xiàn)報(bào)道中明確有

8、高度關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)，最終確定34個(gè)SNP位點(diǎn)納入本研究。⑸采用Sequenom Mass array SNP技術(shù)進(jìn)行這些SNPs的基因分型和等位基因頻率計(jì)算。由于rs1045485、rs2244438和rs3769823檢出率較低，故最終納入31個(gè)SNP基因分型數(shù)據(jù)計(jì)算相應(yīng)參數(shù)。⑹根據(jù)Che研究[6]中GRS的算法，通過(guò)文獻(xiàn)查找風(fēng)險(xiǎn)比例（odds ratio，OR）和最小等位基因頻率（minor allele frequency，MA

9、F），計(jì)算方差可釋性遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（Explained variance weighted genetic risk score，EV-GRS）。⑺本研究資料中 SNP位點(diǎn)的篩選和EV-GRS的計(jì)算采用PLINK統(tǒng)計(jì)軟件，SPSS21.0軟件進(jìn)行余下統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，其中隊(duì)列間EV-GRS分布比較采用獨(dú)立樣本的t檢驗(yàn)，采用X2檢驗(yàn)分析EV-GRS組間差異。檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.05。
　　結(jié)果：①本資料共收集隊(duì)列1患者1834例，檢出各類食管疾

10、病616例，檢出率高達(dá)33.6%。檢出各類食管疾病中，食管炎癥占據(jù)絕大多數(shù)（33.6%，535/1834），其中慢性食管炎的檢出率最高（24.6%，452/1834），其次為反流性食管炎（2.9%，53/1834）；食管癌檢出率較高（1.5%，27/1834）。本研究檢出的616例各類食管疾病在不同年齡組間存在差異（P＜0.05），食管癌在60-69歲組檢出率最高（51.9%），慢性食管炎為50-59歲最高（35.2%），而反流性食管炎

11、和食管平滑肌瘤在40-49歲組檢出率最高（32.1%，36.4%）。②將SNP位點(diǎn)基因分型數(shù)據(jù)均完整的1503例患者計(jì)算EV-GRS，平均值為2.65±0.55，中位值2.65，范圍0.51-5.05。K-S檢驗(yàn)顯示EV-GRS服從正態(tài)分布（Z值=0.964，P值(sig2-tailed)=0.310）；計(jì)算SNP位點(diǎn)基因分型數(shù)據(jù)均完整的3147例研究對(duì)象的EV-GRS，平均值為2.57±0.52，中位值2.58，范圍0.94-4.36

12、。K-S檢驗(yàn)顯示EV-GRS服從正態(tài)分布（Z值=0.804，P值(sig2-tailed)=0.537）。③EV-GRS在兩組隊(duì)列中均服從正態(tài)分布，且兩總體方差齊（F=1.727，P=0.189）；采用兩獨(dú)立樣本的t檢驗(yàn)顯示隊(duì)列1中患者平均EV-GRS高于隊(duì)列2中的研究對(duì)象（t=3.755，P=0.000，95%CI=0.09-0.03）。本研究中以5%及95%為分界依據(jù)將 EV-GRS分為三組，分別為低風(fēng)險(xiǎn)組（EV-GRS＜1.77）

13、、中風(fēng)險(xiǎn)組（EV-GRS為1.77-3.48）及高風(fēng)險(xiǎn)組（EV-GRS＞3.48）。隊(duì)列1中高風(fēng)險(xiǎn)患者比例高于隊(duì)列2，同時(shí)低風(fēng)險(xiǎn)患者高于隊(duì)列2中人群，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（X2=8.5，P=0.014）。
　　結(jié)論：⑴食管癌高發(fā)區(qū)無(wú)癥狀人群胃鏡篩查中，食管疾病檢出率較高，其中食管炎癥居多數(shù)，其各類食管疾病不同年齡間存在明顯差異；⑵遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分在高發(fā)區(qū)醫(yī)院門診患者和無(wú)癥狀人群間的分布存在差異，可將高發(fā)區(qū)人群分為不同亞群，本研究為本課題后