單個氨基酸的允許突變集及其應(yīng)用.pdf

1、當(dāng)前對于病毒的研究經(jīng)常進入一個困境,當(dāng)同時考察一個蛋白質(zhì)數(shù)千條氨基酸序列的時候,經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)太多的點突變的位點,比如HIV的Env部分和所有流感病毒的HA及NA部分序列。而由于研究者認為突變太多經(jīng)常使得研究工作難以繼續(xù)。然而當(dāng)研究一些較保守的序列如流感病毒PA,PB1和PB2部分時,也能找到比較多的點突變,這說明,在保守序列之間存在一種模式,如果將這種模式應(yīng)用于氨基酸序列的研究中,可以忽略掉一些所謂的“假突變”位點,進而著重考慮那些重要的

2、突變位點。
　　 于是本論文提出了允許突變集的概念,即給一些點突變制造一個框架,在允許突變集內(nèi)的突變被認為是正常而自然的。對于任意一種氨基酸,基于它的同源密碼子或同源tRNA,都可以到它的允許突變集。從全球蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫UniProt中下載的所有流感病毒數(shù)據(jù)及HIV1病毒數(shù)據(jù)對允許突變集進行驗證,結(jié)果顯示,對于流感病毒較保守的PA,PB1和PB2部分,結(jié)果對允許突變集的支持率絕大部分都達到了100％,少數(shù)沒有達到的也非常接近；而對