擬南芥RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的高通量數(shù)據(jù)分析.pdf

1、RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)在基因表達(dá)產(chǎn)物的成熟，調(diào)控和功能等各方面都發(fā)揮著非常重要的作用。RNA折疊的形式和頻率的深入研究有助于理解在體內(nèi)RNA是如何行使其生物學(xué)功能。隨著近些年高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，化學(xué)修飾（或鏈特異性酶切技術(shù)）與高通量測(cè)序的緊密結(jié)合，使我們?cè)谌蚪M水平上研究RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)成為可能。
　　通過(guò)分析擬南芥體內(nèi)硫酸二甲酯(DMS)修飾位點(diǎn)的高通量數(shù)據(jù)，分別利用兩種計(jì)算方法（PARS和Structure-seq計(jì)算方法）進(jìn)行

2、處理。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，兩組方法預(yù)測(cè)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)得出的結(jié)果具有比較一致的相關(guān)性。同時(shí)，第一次提出使用Index值來(lái)反映RNA被修飾的程度?；騁O富集分析表明，全基因組水平上Index值位于Top10％的轉(zhuǎn)錄本主要富集在三個(gè)生物學(xué)過(guò)程:(a)響應(yīng)外界刺激應(yīng)答反應(yīng);(b)轉(zhuǎn)運(yùn)過(guò)程;(c)能量代謝過(guò)程。最后研究發(fā)現(xiàn)，RNA能夠被miRNA靶定的區(qū)域的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)平均得分，顯著的高與同其上下游各50個(gè)核苷酸的區(qū)域的平均得分，表明miRNA靶定位