硇洲島潮汐帶牡蠣相關(guān)可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性研究.pdf

1、本研究應(yīng)用純培養(yǎng)法分離南海硇洲島潮汐帶香港巨牡蠣(Crassostreahongkongensis)樣品中相關(guān)可培養(yǎng)細(xì)菌,采用16SrRNA基因序列的系統(tǒng)發(fā)育分析方法研究分離菌株的系統(tǒng)發(fā)育多樣性,對(duì)分離菌株進(jìn)行抗菌活性篩選,運(yùn)用多相分類技術(shù)對(duì)幾株潛在新分類單元的菌株進(jìn)行系統(tǒng)分類學(xué)研究,系統(tǒng)了解湛江硇洲島潮汐帶牡蠣樣品中的可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性,從中發(fā)現(xiàn)一些有著開發(fā)利用抗菌物質(zhì)的菌株以及部分潛在新類群的分類地位確定,為在中國(guó)南海微生物資源的研究

2、保護(hù)和開發(fā)利用打下基礎(chǔ)。
　　用添加0–25％(w/v)NaCl的NA、MA和MH培養(yǎng)基從樣品中分離到102株細(xì)菌,通過菌落形態(tài)、細(xì)胞顯微形態(tài)和革蘭氏染色結(jié)果及部分生理生化實(shí)驗(yàn)結(jié)果,對(duì)分離菌株進(jìn)行了初步觀察和進(jìn)一步篩選去重復(fù),從102個(gè)分離菌株中挑選出74個(gè)具有代表性的菌株作進(jìn)一步16SrRNA基因序列系統(tǒng)發(fā)育多樣性分析。詳細(xì)見(表2-1-1)。結(jié)果顯示,74株菌屬于細(xì)菌域的4個(gè)大的系統(tǒng)發(fā)育類群(Gamma-Proteobacte

3、ria,Alpha-Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes)的16個(gè)科(Idiomarinaceae,Enterobacteriaceae,Halomonadaceae,Rhodobacteraceae,Xanthomonadaceae,Alteromonadaceae,Vibrionaceae,Pseudoalteromonadaceae,Shewanellaceae,Aeromonadacea

4、e,Phyllobacteriaceae,Flavobacteriaceae,Bacillaceae,Staphylococcaceae,Enterococcaceae,Carnobacteriaceae)、18個(gè)屬(Idiomarina,Morganella,Proteus,Halomonas,Paracoccus,Wohlfahrtiimonas,Marinobacter,Vibrio,Pseudoalteromonas,Shewa

5、nella,Oceanimonas,Nitratireductor,Myroides,Bacillus,Virgibacillus,Staphylococcus,Enterococcus,Trichococcus)(表2-1-1)。其中Gamma-Proteobacteria亞門菌株占優(yōu)勢(shì)(45株,60.8%),其余依次是Firmicutes門(12株,16.2%)、Bacteroidetes門(11株,14.9%)和Alpha-Pro

6、teobacteria亞門(6株,8.1%),可以歸為38個(gè)物種,大多數(shù)與其最近的已知菌株系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系(相似性在94.3%–99.8%之間)存在很大的遺傳差異。其中JSM111069可能代表Carnobacteriaceae科的潛在新屬;菌株JSM111039和JSM111085可能分別代表Bacillus屬的兩個(gè)新物種,菌株JSM111020、JSM111072和JSM111090可能分別代表Pseudoalteromonas、Pro

7、teus和Idiomarina屬的新物種。
　　用8個(gè)敏感菌株作為指示菌,包括3株革蘭氏陽(yáng)性菌、3株革蘭氏陰性菌、2株真菌,運(yùn)用管碟法對(duì)72株菌作抗菌活性篩選,并對(duì)5株有較強(qiáng)抗菌活性的菌株作了16SrRNA基因序列的系統(tǒng)發(fā)育分析。結(jié)果表明,72株菌有24株的發(fā)酵產(chǎn)物具有抗菌活性,陽(yáng)性率為33.3%,這5株菌分別屬于Oceanimonas屬(JSM111024,JSM111027,JSM111029,JSM111083)和Nitra

8、tireductor屬(JSM111076)。
　　對(duì)部分潛在新分類單元運(yùn)用多相分類方法進(jìn)行了系統(tǒng)分類學(xué)研究。詳細(xì)分析比較表型和生理生化特征、細(xì)胞化學(xué)組分和系統(tǒng)發(fā)育分析以及DNA-DNA雜交數(shù)據(jù),確定了2個(gè)菌株的分類地位,即菌株JSM111039和JSM111085被確定為Bacillus屬的新種,被分別命名為南海芽孢桿菌(Bacillusnanhaiensissp.nov.)和湛江芽孢桿菌(Bacilluszhanjiangen