對蝦養(yǎng)殖沉積環(huán)境細(xì)菌多樣性的分子分析與若干可培養(yǎng)技術(shù)優(yōu)化探討.pdf

1、傳統(tǒng)的微生物純培養(yǎng)技術(shù)能夠分離得到的微生物僅為自然界中微生物總數(shù)的1％左右，絕大多數(shù)微生物還處于未培養(yǎng)和未研究狀態(tài)，針對新型培養(yǎng)技術(shù)的探索已經(jīng)成為了研究熱點(diǎn)。本論文在傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)技術(shù)的基礎(chǔ)上進(jìn)行改進(jìn)，對泉州灣灘涂蝦池表層沉積物中的細(xì)菌進(jìn)行富集培養(yǎng)，并運(yùn)用變性梯度凝膠電泳(DGGE)技術(shù)對培養(yǎng)后的細(xì)菌多樣性變化進(jìn)行比較和研究；同時(shí)，對蝦池表層沉積物樣品總DNA以及多種固體培養(yǎng)基富集后培養(yǎng)物的總DNA的DGGE圖譜中16SrDNA片段的顯

2、著條帶進(jìn)行切割、克隆和測序，并進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。本研究取得了以下主要結(jié)果： 1.對蝦池表層沉積物細(xì)菌多樣性進(jìn)行分析，得出該沉積環(huán)境細(xì)菌多樣性指數(shù)為3.4971，豐度為41，均勻度指數(shù)為0.94171；對DGGE圖譜上的特征條帶進(jìn)行切割回收和克隆測序后得到了優(yōu)勢菌的信息。測序結(jié)果為：17個(gè)優(yōu)勢條帶分別屬于變形菌門、α-變形菌綱、γ-變形菌綱、δ-變形菌綱、ε-變形菌綱、綠彎菌門、放線菌門、厚壁菌門、擬桿菌門和環(huán)境樣品中的未知菌群等

3、10個(gè)類群，其中有15個(gè)條帶的序列與各個(gè)門類中未培養(yǎng)細(xì)菌具有大于98％的同源性。 2.采用直接接種(Ⅰ)和稀釋接種(Ⅱ)等2種接種方式、勻速搖動(Y)和間歇擾動(R)等2種培養(yǎng)方式以及2216E、D2216E、VL55、DNB、HM1、HM2、DR2A和R2A等8種液體培養(yǎng)基對蝦池表層沉積物細(xì)菌進(jìn)行為期2周的富集培養(yǎng)，結(jié)合各樣品的DGGE圖譜和細(xì)菌多樣性指數(shù)，對接種方式、培養(yǎng)方式的改進(jìn)效果和各種培養(yǎng)基的使用效果做出評價(jià)，結(jié)果表明

4、：Ⅰ Y和Ⅱ R方式可以適用于大多數(shù)液體培養(yǎng)基，低營養(yǎng)基質(zhì)培養(yǎng)基比高營養(yǎng)基質(zhì)培養(yǎng)基更能獲得較多的DGGE條帶和較高細(xì)菌多樣性。 3.采用A2216E、AD2216E、AVL55、ADNB、AHM1、AHM2、ADR2A、AR2A和G2216E、GD2216E、GVL55、GDNB、GHM1、GHM2、GDR2A、GR2A等16種固體培養(yǎng)基對蝦池表層沉積物細(xì)菌進(jìn)行為期12周以上的富集培養(yǎng)，菌落計(jì)數(shù)結(jié)果顯示：AVL55、GVL55、

5、GDNB、GHM2和GDR2A等培養(yǎng)基在2周和12周的菌落計(jì)數(shù)結(jié)果還有明顯的增長；將2周富集培養(yǎng)物DGGE圖譜中的顯著條帶進(jìn)行切割回收和克隆測序，得到培養(yǎng)后的優(yōu)勢菌落信息。測序結(jié)果為：19個(gè)顯著條帶分別屬于γ-變形菌綱、α-變形菌綱、ε-變形菌綱、厚壁菌門、海洋細(xì)菌和環(huán)境樣品中的未知菌群等6個(gè)類群，其中有9個(gè)條帶的序列與各門類中未培養(yǎng)細(xì)菌具有大于98％的同源性。 4.成功的將新型微生物胞外多糖——結(jié)冷膠(Gellan gum)應(yīng)