牛Dlk1-Dio3印記區(qū)域3個基因間lncRNA印記狀態(tài)分析.pdf

1、基因組印記(Genomic imprinting)是哺乳動物中來源于親本的等位基因由于DNA甲基化、組蛋白乙?；缺碛^遺傳(Epigenetic)的不對稱修飾而導致單等位基因表達的現(xiàn)象，即來自雙親的等位基因一方沉默，而特異性地表達另一方，具有這種現(xiàn)象的基因稱為印記基因(Imprinted gene)。大部分印記基因成簇存在并在物種間保守?；蚪M印記與生物進化、性別決定、生長發(fā)育以及腫瘤的發(fā)生密切相關(guān)。
　　長非編碼RNA(Long

2、 non-coding RNA，LncRNA)是一類長度大于200nt能轉(zhuǎn)錄但不編碼蛋白質(zhì)且具有特定功能的RNA分子。目前發(fā)現(xiàn)在人中l(wèi)ncRNA的數(shù)量是編碼蛋白基因的兩倍以上。LncRNA與編碼蛋白的基因一樣在生物體的分化、發(fā)育、致病等多種生命過程中起作用。位于印記基因成簇內(nèi)的lncRNA參與調(diào)控印記基因的表達。Dlk1-Dio3印記區(qū)域由于在胚胎發(fā)育、細胞分化過程中的重要作用而備受關(guān)注，是目前研究比較充分的印記區(qū)域之一。該區(qū)域中母源n

3、cRNA基因的異常表達與誘導多功能干細胞(iPSCs)的發(fā)育潛能直接相關(guān)。
　　隨著轉(zhuǎn)錄組測序的進行，一些未知功能的EST序列定位在牛Dlk1-Dio3印記區(qū)域，本研究選取其中三組EST序列(第一組為CB457990和CB460301，第二組為AV603291和AV603290，第三組EE898001、AW446868、以及EE898002)，首先設(shè)計跨EST序列的引物驗證每組中的EST序列是否為來源于同一個基因的片段，并根據(jù)雨果

4、基因命名委員會(The HUGO Gene Nomenclature Committee，HGNC)的基因命名原則將其命名為LINC24061、LINC24063和LINC24064;進而應(yīng)用RT-PCR對這三個lncRNA在不同組織中的表達進行了分析;最后應(yīng)用基于單核苷酸多態(tài)(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)的測序方法對LINC24061、LINC24063和LINC24064等位基因特異性的表

5、達進行了鑒定。
　　結(jié)合RACE與RT-PCR技術(shù)得到LINC24061基因的兩個可變剪切體LINC24061-v1與LINC24061-v2，組織特異性表達研究發(fā)現(xiàn)LINC24061-v1在心臟、腎和肌肉3個中表達，而LINC24061-v2在被檢測的8個組織（心、肝、脾、肺、腎、肌肉、脂肪及大腦）中均表達。LINC24063與LINC24064在被檢測的8個組織中都有表達。以SNP位點篩選出的雜合子個體為基礎(chǔ)，通過RT-PCR