應(yīng)用ABEEM-MM浮動電荷分子力場探討GLY(H-,2-O)-,n-(n=1-8)團(tuán)簇的性質(zhì).pdf

1、甘氨酸(GLY)作為最簡單的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單元和重要的生命營養(yǎng)物質(zhì)，在生命體系中扮演著十分重要的角色，因而探討甘氨酸與水分子之間的相互作用具有非常重要的意義。
　　 本論文應(yīng)用原子.鍵電負(fù)性均衡方法融合進(jìn)浮動電荷分子力場(ABEEM/MM)的模型和方法，編制和調(diào)試有關(guān)程序，構(gòu)建了一個新的GLY-水勢能函數(shù)，并將其應(yīng)用到氣相團(tuán)簇GLY(H2O)n(n=1-8)的研究中。文中對研究體系均采用B3LYP/6-311++G(d，p)方法進(jìn)行

2、結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率計算，在MP2/6-311++G(3d,3p)水平上對構(gòu)象進(jìn)行能量計算，對GLY-水團(tuán)簇的能量計算同時進(jìn)行了BSSE校正。通過對團(tuán)簇GLY(H2O)n(1-3)采用ABEEM/MM進(jìn)行各種性質(zhì)的模擬并與從頭算的計算結(jié)果進(jìn)行比較，擬合一套理想的GLY-水勢能模型參數(shù)，并將參數(shù)在毫無修改的情況下，直接轉(zhuǎn)移到團(tuán)簇GLY(H2O)n(4-8)的計算中，與從頭計算相比同樣得到了比較理想的結(jié)果。首先研究了GLY單體的幾何構(gòu)型，構(gòu)型結(jié)果

3、與可獲得的實驗數(shù)據(jù)顯示了很好的一致性；根據(jù)對GLY中氮原子和氧原子以及它們的孤對電子的電荷分布的ABEEM/MM方法分析，可以解釋水與作用點形成氫鍵的強(qiáng)弱。繼而應(yīng)用此模型研究了團(tuán)簇GLY(H2O)n(n=1-3)的性質(zhì)，包括優(yōu)化的幾何構(gòu)型、偶極矩、ABEEM電荷分布、相互作用能以及氫鍵的協(xié)同效應(yīng)等。這些研究結(jié)果與可獲得的實驗數(shù)據(jù)和從頭計算結(jié)果相比，都顯示了很好的一致性。為了驗證我們的GLY-水勢能模型的合理性以及參數(shù)的正確性和可轉(zhuǎn)移性，