基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的全基因組DNA甲基化預(yù)測研究.pdf

1、作為人類基因組重要的表觀遺傳現(xiàn)象，DNA甲基化是基因表達(dá)調(diào)控中常見而又重要的機(jī)制，參與細(xì)胞分化與增殖、生物體老化、腫瘤發(fā)生等多種重要的生命活動。DNA甲基化狀態(tài)的檢測是腫瘤類型鑒別診斷的輔助手段，可用于癌癥發(fā)生的抑癌基因特異性失活的檢測。新一代測序技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)全基因組單堿基分辨率的甲基化檢測，但是測序方法相對昂貴，采用計(jì)算的方法對DNA甲基化進(jìn)行預(yù)測成為當(dāng)前DNA甲基化生物信息學(xué)研究的熱點(diǎn)。
　　本文構(gòu)建了預(yù)測DNA甲基化狀態(tài)的三

2、種神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，結(jié)果表明，與已有的模型相比，提高了DNA甲基化的預(yù)測準(zhǔn)確率。本文主要工作如下:
　　(1)利用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型預(yù)測DNA甲基化狀態(tài)。使用人工手段組合不同的DNA甲基化特征，訓(xùn)練人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，預(yù)測DNA甲基化狀態(tài)
　　(2)利用深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測DNA甲基化狀態(tài)。使用DNA甲基化的全部特征信息，分別構(gòu)建5層的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型和4層的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型預(yù)測DNA甲基化狀態(tài)。
　　(3)利用深度