基于深度信念網(wǎng)絡的理論質譜預測.pdf

1、蛋白質組學是人類生命科學領域重要的研究之一，而蛋白質鑒定是蛋白質組學最基本的研究。串聯(lián)質譜技術是蛋白質鑒定的核心技術，它通過碎裂技術比如碰撞誘導裂解使肽碎裂，并生成包含肽碎片離子信息的二級質譜。預測這些串聯(lián)質譜信號和理解這個碎裂過程對高通量蛋白質鑒定非常重要。數(shù)據(jù)庫搜索方法是從串聯(lián)質譜中鑒定出肽序列最常用的方法，理論質譜預測是這種方法的重要步驟。精確的理論質譜預測能夠提高肽序列鑒定的可信度。串聯(lián)質譜中碎片離子峰的強度受各種肽序列相關的理

2、化特性的影響。利用這些碎片離子的理化特征信息，對碎片離子的強度進行建模，從而能夠預測理論質譜。
　　本文使用深度信念網(wǎng)絡算法來建模串聯(lián)質譜中的強度信息。建模過程分為數(shù)據(jù)處理、模型訓練、結果分析三部分。在進行數(shù)據(jù)處理時，使用pFind、Mascot、Comet三款蛋白質鑒定軟件對數(shù)據(jù)進行搜索，得到鑒定結果文件。提取出鑒定結果中的肽譜匹配（Peptide-Spectrum Matches，PSMs），再對其進行去冗余、假陽性率（Fal