madsbox基因在水稻和太行花中的相關(guān)研究sage在水稻上應(yīng)用的生物信息學(xué)分析

1、中國科學(xué)院植物研究所碩士學(xué)位論文MADS-box基因在水稻和太行花中的相關(guān)研究& SAGE在水稻上應(yīng)用的生物信息學(xué)分析姓名：王永強申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：細胞生物學(xué)指導(dǎo)教師：孟征20050501基因有差別，值得進一步研究。S A G E ( S e r i a l A n a l y s i s o f G e n t E x p r e s s i o n ) 是對比樣品間轉(zhuǎn)錄譜的差異、發(fā)現(xiàn)新基因的有效的方法。t a gm a

2、 p p i n g 是將S A G E ．t a g 與其轉(zhuǎn)錄本匹配的過程，其效率直接影響對轉(zhuǎn)錄譜的解釋，該過程受多種因素影響。目前，對水稻t a gm a p p i n g 過程缺少詳細研究，導(dǎo)致其效率不高。為了確定參考數(shù)據(jù)庫和其它合適的條件，我們利用E S T 序列和基因組序列構(gòu)建了不同的參考圖譜，從全長e D N A 數(shù)據(jù)庫中提取虛擬的S A G E ．t a g ，研究了參考圖譜、錨定酶、t a g 長度以及匹配方法對t a

3、 gm a p p i n g 效率的影響，并比較了t a gm a p p i n g 的準確率。結(jié)果表明，用E S T 序列構(gòu)建的參考圖譜能夠匹配大多數(shù)的S A G E ．t a g ，并具有較高的準確率；利用迭代的方法，可以充分利用基因組序列。各種錨定酶之間的差別不明顯，其中N l a l l l ，H p y C H 4 V 和A l u I 表現(xiàn)較好；1 7 b p 的t a g 比較適合水稻：而用雙錨定酶和1 7 b p 的