臨床微生物檢測的基因同源性分析

1、臨床微生物床微生物檢測檢測的基因同源性分析的基因同源性分析醫(yī)院感染的流行病學(xué)研究是臨床微生物學(xué)工作者的重要課題，在醫(yī)院感染監(jiān)測的研究中，一個很重要的問題就是如何確定感染途徑和傳播途徑，以采取有效預(yù)防和控制措施，從而防止醫(yī)院感染或者暴發(fā)流行，因此對微生物鑒定和菌株同源性分析提出了更高的要求。目前，傳統(tǒng)的細(xì)菌鑒定和同源性分析技術(shù)已不能很好地滿足醫(yī)院感染診斷和流行病學(xué)調(diào)查的需要，從型、亞型、株，甚至分子水平上去認(rèn)識細(xì)菌變得愈來愈重要了。近年來

2、分子生物學(xué)的理論和技術(shù)在細(xì)菌感染診斷中的滲透和廣泛應(yīng)用，使得細(xì)菌鑒定、耐藥基因的檢測、分子流行病學(xué)調(diào)查變得更加準(zhǔn)確、簡潔和快速。細(xì)菌DNA同源性分析技術(shù)如脈沖場凝膠電泳、聚合酶鏈反應(yīng)、DNA探針雜交以及序列分析等方法是目前在分子水平上分析細(xì)菌的主要手段，它在鑒定細(xì)菌感染的爆發(fā)、確定院內(nèi)交叉感染、感染病原菌之間的基因同源性等方面有著重要的作用，本文將對常用基因同源性分析方法的機理和過程做簡要綜述。一、質(zhì)粒分型(Plasprofileass

3、ay)：1、原理：質(zhì)粒是可移動的染色體外元件，可以自發(fā)丟失或者被宿主穩(wěn)定地獲得，因此流行病學(xué)上相關(guān)的分離菌株有可能表現(xiàn)出不同的質(zhì)粒圖譜。把質(zhì)粒提取出來，進(jìn)行常規(guī)的瓊脂糖電泳分析，就可以知道分離菌株攜帶質(zhì)粒的大小和數(shù)目。2、實驗過程：a.質(zhì)粒抽提；b.0.8%瓊脂糖電泳；c.EB染色、凝膠成像。3、實驗方法的評價：優(yōu)勢：a.步驟比較簡單，對實驗儀器要求不高。能會重疊。b.REA圖譜分析復(fù)雜。c.分辨力不高。三、染色體DNA的脈沖場凝膠電泳

4、(PulsedFieldGelEelectrophesisPFGE)1、原理：用識別位點相對多的酶進(jìn)行REA的一個重要的局限性，是分析那些大量的、重疊的、分辨力較差的限制性酶切片段構(gòu)成的圖譜相當(dāng)困難。如果用限制性位點相對少的酶消化細(xì)菌的基因組，那么就可以得到數(shù)量相當(dāng)少但更大的限制性片段，這樣在電泳中，穿過瓊脂糖的電場作周期性的改變，就可以產(chǎn)生一個有520條清晰的分辨較好的圖譜。2、實驗流程：a.染色體DNA抽提；b.限制性內(nèi)切酶消化DN

5、A（主要是XbaI）；c.凝膠電泳(脈沖場；d.EB染色、凝膠成像；e.軟件分析。3、實驗方法的評價：優(yōu)勢：a.PFGE方法的分辨力和可重復(fù)性都很高，b.PFGE方法是腸球菌腸桿菌和葡萄球菌基因分型的金標(biāo)準(zhǔn)。缺點：a.必須使所有的酶和緩沖液都能浸透凝膠塊，準(zhǔn)備合適的DNA樣品需要延長培育時間。近來也有報道葡萄球菌和腸球菌可以用相當(dāng)短的時間來進(jìn)行PFGE分析。b.需要昂貴的專業(yè)設(shè)備。四、核糖體分型（Ribotyping）1、原理：核糖體操