外文文獻檢索pubmed

1、PubMed檢索,2010年3月,PubMed（http://www.pubmed.gov) 是由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（National Library of Medicine，NLM) 的國家生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotech-nology Information，NCBI)開發(fā)的一個以網(wǎng)絡(luò)為基礎(chǔ)的醫(yī)學(xué)文獻檢索系統(tǒng),是NCBI龐大的檢索體系Entrez的一部分。,概　況,概　況,收錄從1948年至

2、今70多個國家和地區(qū)37種文字的5000多種生物醫(yī)學(xué)期刊上的文獻1900多萬條。每日更新（周二到周六），每天增加2000－4000條完整記錄。PUBMED引文90%為英文文獻，79%有英文摘要。,,PUBMED收錄的文獻包括3個數(shù)據(jù)庫： 1. Medline 2. In Process Citations 3.Publisher-Supplied Citations,概　況,概　況,Medline是NLM最主要的文獻數(shù)據(jù)庫，

3、覆蓋了醫(yī)學(xué)、護理、口腔、獸醫(yī)、衛(wèi)生等各個學(xué)科。收錄1948年以來生物醫(yī)學(xué)期刊上的文獻。該數(shù)據(jù)庫文獻的標(biāo)識為：[PubMed-indexed for MEDLINE]。這部分文獻的一個明顯標(biāo)志就是其數(shù)據(jù)都標(biāo)引有主題詞、文獻類型、GeneBank獲取號以及其他的一些標(biāo)引數(shù)據(jù)。,概　況,In Process Citations中的記錄提供基本的題錄信息和文摘，沒有標(biāo)引主題詞。其標(biāo)識為：[PubMed-in process]，PubMed每天（

4、周二至周六）添加新文獻到In Process Citations中。In Process Citations中的數(shù)據(jù)經(jīng)標(biāo)引部門標(biāo)引主題詞、文獻類型、GenBank獲取號等標(biāo)引數(shù)據(jù)后加入到Medline數(shù)據(jù)庫之中。標(biāo)識改為：[ PubMed-indexed for MEDLINE]。,概　況,Publisher－Supplied Citations 中記錄由出版商以電子版形式直接傳送到PubMed， 標(biāo)識為：[PubMed-as supp

5、lied by publisher]，大部分出版商提供的文獻處于正在加工狀態(tài)，經(jīng)標(biāo)引后加入到MEDLINE中。此外，還有少部分出版商提供的文獻不進行標(biāo)引，保持[PubMed-as supplied by publisher]標(biāo)識或[PubMed]標(biāo)識。出版商在印刷版期刊出版之前向PUBMED傳送的電子版內(nèi)容將顯示[Epub ahead of print]標(biāo)識。,概　況,PubMed在不斷增加新數(shù)據(jù)的同時，還會向數(shù)據(jù)庫中追加更早的數(shù)據(jù)，

6、目前（2010.3.20)通過PubMed可查到的最早文獻為1865年出版的Transactions of the American Opthamological Society上的文獻，且為免費全文。 需要注意的是：In Process Citations和Publisher-supplied Citations數(shù)據(jù)未標(biāo)引主題詞，因此使用主題詞檢索只能查到Medline中的數(shù)據(jù)。,檢索字段及標(biāo)識符,AD(Address)

7、: 第一作者所屬單位和地址ALL(All Fields): 全部字段 AU(Author): 作者姓名DP(Publication Date): 出版時間EDAT(Entrez Date): 錄入時間1AU(First Author Name): 第一作者姓名FAU(Full Author Name)

8、: 作者姓名全稱(02年以后）LASTAU(Last Author) 最后一個作者（通訊作者）IP(Issue): 期號、部分號、增刊號IS(ISSN): 國際標(biāo)準(zhǔn)刊號LA(Language): 原文語種,檢索字段及標(biāo)識符,MH(Mesh Terms):

9、 主題詞MAJR(Mesh Major Topic): 主要主題詞PG(Pagination): 頁碼（起頁）PT(Publication Type): 出版類型SB(Subset): 文獻子集SH(Mesh Subheadings):

10、 副主題詞TA(Journal Title Abbreviation): 刊名縮寫TI(Title): 文章題名TIAB(Title/Abstract): 題名摘要TW(Text Words): 文本詞VI(Volume):

11、 卷號,限定字段檢索,三種方式：1.通過“Limits”頁面的“Tag Terms”下拉列表選擇相應(yīng)字段，詳見“Limits”。2.通過“Advanced Search”頁面的“Search Builder”選擇字段并構(gòu)建檢索式，詳見“Advanced Search”。3.檢索式：檢索詞[字段標(biāo)識] 例：Smith J[au] Chi[la]

12、 hypertension[mh] 2000:2007[dp] 2007/01/01:2007/01/31[edat]注：時間格式：YYYY/MM/DD,開始檢索,在檢索框中輸入一個或多個檢索詞，單擊“Search”執(zhí)行檢索。在多個檢索詞間可使用布爾邏輯運算符 “AND”、“OR”、“NOT” ，需注意的是，邏輯運算符須用大寫字母，邏輯運算符的優(yōu)先順

13、序為從左向右的順序，可通過加括號提高運算的優(yōu)先級。 檢索詞可以是主題、作者名或期刊名等。,PubMed概述,PUBMED檢索系統(tǒng)的最大特點,關(guān)鍵詞自動匹配功能（automatic term mapping）,它自動對用戶在檢索入口輸入的檢索式與它的四個索引進行匹配，找到相匹配的詞即將其轉(zhuǎn)換成索引中相應(yīng)的詞，系統(tǒng)再根據(jù)轉(zhuǎn)換后的用詞進行檢索；若在索引中無法找到相匹配的詞，系統(tǒng)再將各個檢索詞按獨立的用詞從所有字段中進行查找，檢索詞之間

14、按邏輯符AND組合。,PubMed檢索途徑與方法,自動詞語匹配功能（智能檢索）： 輸入的檢索詞若不用截詞符、雙引號、字段限定，系統(tǒng)會依次在三個表中進行詞語的匹配、轉(zhuǎn)換和檢索： 1. MeSH轉(zhuǎn)換表 2. 刊名轉(zhuǎn)換表 3. 著者索引,,若檢索式中使用了截詞符*或雙引號，系統(tǒng)即關(guān)閉關(guān)鍵詞自動匹配功能。PubMed允許使用雙引號來強制系統(tǒng)進行短語檢索。例如：在檢索框中鍵入“single ce

15、ll”，系統(tǒng)會將其作為一個不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進行檢索,自動匹配檢索,如果在3個詞表的任何一個中找到匹配的內(nèi)容，則匹配結(jié)束。例如：如果輸入的檢索詞在主題詞轉(zhuǎn)換表中找到與其相匹配的主題詞，則使用該主題詞進行檢索并結(jié)束匹配，不會在其他詞表中進行匹配。 如果輸入的單個詞在3個詞表中都未找到匹配的內(nèi)容，其將被在all fields中進行檢索；如果輸入的詞組未找到匹配的內(nèi)容，該詞組將被拆成單詞并分別對其進行匹配后將匹配

16、結(jié)果以AND連接。輸入的檢索詞被自動匹配后的具體檢索式可通過Advanced search頁面中的details選項查看或在檢索結(jié)果頁面右側(cè)的Search details欄中查看。,自動匹配檢索,,自動匹配檢索,,自動匹配檢索,,作者檢索,兩種方式：1.以作者姓全稱加名首字縮寫的格式輸入姓名，PubMed通過自動匹配自動在作者字段進行檢索。2.通過Advanced Search頁面中的“Search Builder ”下拉列表選擇“

17、Author”字段，在字段后的檢索框中輸入作者姓名，姓名的輸入具有自動完成屬性。作者檢索有自動截詞功能，可通過在姓名前后加雙引號并加作者字段標(biāo)識[au]關(guān)閉該功能，如：“Smith J”[au],作者檢索,,,,,作者檢索,如果只輸入作者的姓，則PubMed會在所有字段中對其進行檢索，如只想將其作為作者檢索，需加作者字段標(biāo)識[au]。 2002年以后的論文，如果提供作者全名，可使用作者全名進行檢索。作者姓名可正序或倒序

18、，如：juila s wong或wong julia s。為了區(qū)分姓名全稱與首字縮寫，需加標(biāo)全名字段標(biāo)識[fau]，如：peterson do[fau],期刊檢索,,三種方式：使用PubMed資源的“Journals Database”查尋特定期刊上的文章。通過Advanced Search頁面中的“Search Builder ”下拉列表選擇“Journal”字段，在字段后的檢索框中輸入刊名全稱、Medline縮寫及ISSN直接

19、在檢索框中輸入刊名全稱、Medline縮寫及ISSN，PubMed通過自動匹配自動在刊名字段進行檢索。,,期刊檢索,如果刊名是Mesh詞（如：Gene Therapy、Science、Cell)，或刊名是單個單詞（Scanning)，如只想將其作為刊名檢索，需加刊名字段標(biāo)識[ta]。 推薦使用刊名全稱或縮寫查找，因為有些過早的文獻沒有ISSN。,詞組檢索,,對于輸入PubMed的多詞詞組，PubMed會查詢詞組索引，如果查到

20、相應(yīng)詞組則將其作為一個檢索詞來檢索。如果未查到相應(yīng)詞組，則將其拆分成單個詞，分別進行檢索并以邏輯和（AND）進行組配，如：single cell相當(dāng)于檢索single AND cell?？赏ㄟ^如下方式強制將其作為一個詞組進行檢索： 1. 加雙引號，如：“single cell” 2.加標(biāo)段標(biāo)識[tw]:single cell[tw] 3.使用短橫線“-”將兩詞連接起來：single-cell 4.使用截詞

21、符*：single cell*,詞組檢索,截詞檢索和禁用詞,截詞檢索： 可通過在詞干后加“*”檢索以該詞干開頭的所有詞的文獻。需要注意的是：截詞檢索將關(guān)閉PubMed的自動單詞匹配功能以及Mesh主題詞的擴展檢索功能 。如：輸入heart attack*，不會啟動自動匹配功能檢索與之匹配的Mesh主題詞“Myocardial Infarction”及其下位更專指的主題詞的相關(guān)文獻。截詞功能最多可使用600個詞形變化。超過600個會顯示如

22、下圖的提示信息。,截詞檢索和禁用詞,,,截詞檢索和禁用詞,PubMed在檢索時忽略一些常用的英語詞匯，下表為禁用詞列表,Advanced Search,,Advanced Search頁面整合了多種輔助功能，可實現(xiàn)如下操作：1，Search Builder 2，index3，History4，preview預(yù)覽檢索結(jié)果5，Details查看檢索式細節(jié)6，Limit的限定功能,,Searching by a specific

23、field,通過高級檢索頁面的“ Search Builder ”可以進行特定字段的限定檢索。首先在下拉列表中選擇要檢索的字段，然后在檢索框中輸入檢索詞，再選擇“AND”、“OR”、“NOT”三種邏輯關(guān)系按鈕之一，即可將輸入的檢索詞在所選字段中檢索的策略以相應(yīng)的邏輯關(guān)系加入到檢索框中。,Searching by a specific field,Searching by a specific field,Searching by a s

24、pecific field,Searching by a specific field,Index-Browsing the index of terms,,通過“Search Builder”檢索框后的“Index”按鈕可查詢在特定字段中的索引。Index功能可用于：1.通過向查詢框中增加新的檢索詞來修改檢索策略。2.在特定檢索字段向檢索策略中加入檢索詞。3.從索引中瀏覽并選擇檢索詞來完善檢索策略。,Index-Browsin

25、g the index of terms,,Index-Browsing the index of terms,,History-Combining searches using history,,檢索史按檢索式運行的順序列出各檢索式，包括檢索式序號、檢索策略、檢索時間、檢索到的文獻條數(shù)。 檢索史最多保存100條檢索式，檢索史將在離開PubMed或其他Entrez數(shù)據(jù)庫8小時后消失?！　螕魴z索式后的文獻數(shù)鏈接可顯示該檢

26、索式的檢索結(jié)果。 可通過檢索策式的序號對檢索策略進行組配，如：#2 AND #6， #3 AND (drug therapy OR diet therapy)　　單擊檢索史窗口下方的Clear History按鈕可將所有檢索式刪除。,History-Combining searches using history,,點擊檢索式序號將彈出一選項菜單，提供的選項包括布爾邏輯操作符AND,OR,NOT,點擊相應(yīng)的操作符菜單，將

27、把該條檢索策略加入到檢索框中，并與檢索框中現(xiàn)有的檢索式進行選中的邏輯組配?！　〕壿嫴僮鞣?，彈出的選項菜單還提供如下選項：　　Delete:從檢索史中刪除該條檢索式　　Go:再次運行該條檢索策略　　Details:顯示該條檢索策略的具體執(zhí)行情況　　Save in My NCBI：在My NCBI中保存該條檢索策略。,History-Combining searches using history,Details- Disp

28、laying the search details,,“Details”(細節(jié)）可實現(xiàn)如下功能：1.查看檢索策略被PubMed的自動單詞匹配功能、檢索規(guī)則和句法轉(zhuǎn)換后的形式。2.存儲和編輯檢索策略并重新發(fā)送出該項策略。3.提示出錯信息和說明。,Details- Displaying the search details,,Details- Displaying the search details,,Preview- Previe

29、wing the number of search results,檢索框中輸入檢索詞后，單擊“Preview”，可在顯示文獻條目之前，預(yù)覽檢索到的文獻條數(shù)，節(jié)省查找文獻的時間；通過該功能可以逐漸增加檢索詞來完善檢索策略。,Limits-Limit your search,,限定功能可限定只檢索那些提供全文或免費全文的文獻，也可將檢索策略限定于特定的年齡組、性別、人類與動物研究、語種、文獻類型、PubMed的特定文獻子集等。由于in p

30、rocess citations和publisher supplied citaions沒有進行標(biāo)引，因此選擇某些限定功能，PubMed將僅在Medline中進行檢索。 選擇了某種限定條件并進行檢索后當(dāng)前的限定條件顯示于檢索結(jié)果頁面右側(cè)，進行新的檢索時需單擊限定條件下的“Remove”選項清除當(dāng)前的限定條件，否則將使用相同的限定條件進行檢索。,Limits,More Resources,,Using Clinical

31、 Queries,PubMed在其臨床查詢頁面為臨床醫(yī)生提供如下特殊的PubMed檢索服務(wù): ? Search by Clinical Study Category ? Finding Systematic Reviews ? Medical Genetics Searches,Search by Clinical Study Category,1. 按臨床研究類別檢索文獻 使用內(nèi)建過

32、濾器專門查詢有關(guān)臨床研究類別的文獻，提供5種研究類別（etiology、diagnosi、therapy、prognosis、clinical prediction guides）和2種強調(diào)類型（narrow specific search、broad sensitive search）,Search by Clinical Study Category,Research Methodology Filters,Search by Cl

33、inical Study Category,2.查詢系統(tǒng)綜述 系統(tǒng)綜述包括如下文獻類型： systematic reviews meta-analysis reviews of clinical trials evidence-based medicine consensus development conferences guidelines citat

34、ions from journals specializing in clinical review studies,Finding Systematic Reviews,,也可以通過直接在檢索框中輸入檢索詞加上 “AND systematic[sb]”來檢索系統(tǒng)綜述。,Finding Systematic Reviews,Medical Genetic Researchs,3. 醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究用來查找醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)相關(guān)的各主題的文獻,演

35、示,Topic -Specific Queries,演示,列出了為臨床醫(yī)生和衛(wèi)生服務(wù)研究者進行特殊目的檢索的目錄，可以按檢索目的、檢索主題以及特定期刊字集等分類來檢索相關(guān)信息。,Mesh Database,通過主題詞數(shù)據(jù)庫可以查詢Mesh詞、副主題詞、出版類型、物質(zhì)名和藥物作用等，并生成檢索策略?？梢允褂肕esh詞、Mesh款目詞、副主題詞、出版類型、物質(zhì)名或Mesh范疇注釋中的詞檢索Mesh數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)。,,,Mesh Databa

36、se,NLM Mesh Browser中主題詞的注釋數(shù)據(jù),Mesh Database,,主題詞的詳細信息及可組配的副主題詞,Mesh Database,款目詞列表及主題詞的樹狀態(tài)結(jié)構(gòu),演示,Mesh Database,Journal Database,使用期刊數(shù)據(jù)庫功能，可以通過刊名、刊名縮寫或國際標(biāo)準(zhǔn)刊號（ISSN）查詢期刊的詳細信息，并檢索該刊被PubMed收錄的全部文獻；在期刊數(shù)據(jù)庫的查詢頁中學(xué)包含提供全文的期刊列表，按字順列出了

37、數(shù)據(jù)庫中提供全文內(nèi)容的期刊列表。 演示,Single Citation Matcher,以填空的方式填入已知的期刊信息，查詢一篇已知論文或指定期刊某一卷或期上的一批論文。,期刊名和作者名有自動完成屬性，輸入部分信息會提示以該信息開頭的全部期刊名或作者名。 演示,檢索結(jié)果處理,PubMed的檢索結(jié)果默認(rèn)顯

38、示為Summary格式，此外還提供Abstact、Medline、XML、Pmid list等顯示格式。選中想要的檢索結(jié)果，可將其保存為文本文件，或通過email發(fā)送，也可在線訂閱全文（需付費）。在檢索結(jié)果頁面右側(cè)有對當(dāng)前檢索結(jié)果進行分組顯示的標(biāo)簽、檢索其他NCBI數(shù)據(jù)庫的鏈接及當(dāng)前檢索的Details查看等內(nèi)容。,Display Results,,,,,,,,,,,,Display Results,,,,Display Result

39、s,,,,Display Results,Abstract 格式,,,,,,,,Send to,Clipboard,,Clipboard給我們提供一個臨時存放所選文獻的空間。Clipboard中的文獻將在離開PubMed或其他Entrez數(shù)據(jù)庫8小時后消失。Clipboard的最大容量為500篇文獻。 去重作用：對于已經(jīng)存在于Clipboard中的文獻將不能再存入Clipboard之中。 Clipboar

40、d中的文獻默認(rèn)的檢索式序號為#0，可以此對其進行布爾邏輯檢索操作，如：檢索剪貼板中的英文文獻可使用檢索式：#0 AND english[la],Clipboard,,,Clipboard,,Send to File,,File:按規(guī)定格式保存為本地文件Collections:在My NCBI的collections中永久保存所選文獻，一次最多5000條E-mail:將檢索結(jié)果以所選格式發(fā)送給指定的e-mail，一次最多發(fā)

41、送200條文獻Order:定購所選文獻全文，需注冊，付費,My NCBI,注冊My NCBI并登錄后，可以對NCBI網(wǎng)站的服務(wù)進行個性化設(shè)置，可實現(xiàn)如下操作： 保存檢索策略 保存檢索結(jié)果 設(shè)置在檢索結(jié)果中高亮顯示檢索詞 建立內(nèi)容更新的e-mail提醒（需確認(rèn)） 在檢索結(jié)果中顯示網(wǎng)站資源的鏈接 選擇過濾器對檢索結(jié)果進行分組,Save Search,In