乳腺癌耐藥研究思路

1、乳腺癌化療中蒽環(huán)類化療藥耐藥監(jiān)測新指標,基于 GCBI 挖掘新成果,基于文獻內(nèi)容的梳理,脫離開文獻，只關注數(shù)據(jù)看看能挖掘到什么新知識,梳理文獻內(nèi)容,https://www.gcbi.com.cn/gclib/html/pubmed/detail/21422418,蒽環(huán)類化療藥作用點,抑制拓撲異構酶II——TOP2A通過嵌入 DNA 雙鏈之間，形成穩(wěn)定復合物，抑制DNA 與RNA合成，從而阻礙快速生長的癌細胞的分裂。,蒽環(huán)類化療藥及

2、乳腺癌化療方案組合,AC 方案： 多柔比星+環(huán)磷酰胺,TAC 方案：多柔比星+環(huán)磷酰胺+多西他賽,柔紅霉素多柔比星阿柔比星表柔比星伊達比星,研究目的,試驗設計,樣本分組,文中分析過程,文中分析結果,GCBI 衍生分析策略,GCBI 衍生分析結果,,,,,,,1,2,3,4,5,6,7,發(fā)現(xiàn)與 pCR 密切相關的基因表達標志物,,pCR,pathologic complete response 病理完全緩解,能使用蒽環(huán)類化療藥的

3、病人？,Top2A是已確認為預測蒽環(huán)類化療藥的 Marker,distant metastasis-free survival (DMFS) 無遠處轉(zhuǎn)移生存時間,DMFS,Overall Survival總生存時間,OS,標準為：化療全部結束時，無乳腺和腋窩淋巴結轉(zhuǎn)移；原位無轉(zhuǎn)移腫瘤也被定義為,試驗設計,ER 陰性病人、無論 HER2是否擴增,時間周期：2003年1月至2008年6月,治療方案：,表柔比星每三周重復一個周期，共4

4、個周期,驗證隊列,Biomarker (p53 Gene) Analysis and Combination Chemotherapy Followed by Radiation Therapy and Surgery in Treating Women With Large Operable or Locally Advanced or Inflammatory Breast Cancer,Randomized Clinical Tr

5、ial to Evaluate the Predictive Accuracy of a Gene Expression for Stage I-II Breast Cancer,組織者：M.D. Anderson Cancer Center,組織者：European Organisation for Research and Treatment of Cancer - EORTC,評估方法,FISH 法評估 TOP2A 的 DNA 擴

6、增和缺失,免疫組織化學法評估 TOP2A 的 蛋白表達量,基因表達譜芯片評估 TOP2A 的 mRNA,基因表達譜芯片評估 TOP2A 共表達基因表達量,ROC 的 AUC判斷診斷能力,TOP2A基因群+基質(zhì)基因群+免疫基因群構成了 A-score的成分,-33,-23,-25,148,-9,148,-9,148,-9,106,113,114,FEC氟尿嘧啶、表柔比星、環(huán)磷酰胺,TET多西他賽 - 表柔比星 - 多西他賽,FAC氟

7、尿嘧啶、多柔比星、環(huán)磷酰胺,T/FAC紫杉醇、氟尿嘧啶、多柔比星、環(huán)磷酰胺,兩個臨床試驗項目的Validation,沒有任何一種臨床指標與 pCR 顯著相關HER2陽性雖與 pCR 相關，但是沒有顯著性意義,TOP2A DNA擴增與TOP2A 蛋白表達量無顯著相關,TOP2A DNA擴增與pCR顯著相關,TOP2A DNA擴增檢測的重現(xiàn)性不好,需要多基因特征圖譜發(fā)現(xiàn)蒽環(huán)類化療藥耐藥患者,TOP2A 共表達基因群,為什么會想到T

8、OP2A基因群,TOP2A 上下游1M 區(qū)域基因的 DNA 特征——FISH,TOP2A 上下游1M 區(qū)域基因的mRNA表達特征——基因芯片,HER2+ 樣本，TOP2A 共表達基因群顯然與 pCR顯著相關,top2a mRNA水平,top2a共表達基因群mRNA水平,,,ER-/HER2-,ER+/HER2-,ER+/HER2-,HER2+,ER-/HER2-,ER+/HER2-,ER+/HER2-,HER2+,ER-/HER2+ 表

9、柔多星,TOP2A 共表達基因群,ER-/HER2+ 表柔多星+紫杉醇,與 pCR 顯著關聯(lián),,,,,免疫類基因標志物,基質(zhì)轉(zhuǎn)移類基因標志物,Tumor- associated lymphocytes as an independent predic- tor of response to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer. J Clin Oncol 28:105-113, 2010,A

10、 stroma-related gene signature predicts resistance to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer. Nat Med 15:68-74, 2009,與 pCR 關聯(lián)的其他標志物,A-Score 整合了TOP2A共表達基因群基質(zhì)轉(zhuǎn)移類標志物免疫反應類標志物的所有優(yōu)點對蒽環(huán)類化療的樣本預后判斷效果優(yōu)于紫杉醇化療樣本,A-score 的計算

11、方法,A-Score = Pr(ER-/HER2-) * (PLAU+ STAT1) + Pr(ER-/HER2+) * (TOP2A signature + PLAU+ STAT1),Pr(ER-/HER2-),腫瘤樣本，根據(jù) ER 和 HER 的 mRNA 表達量計算出的ER-/HER2-、ER-/HER2+概率,Pr(ER-/HER2+),STAT1代表了 ER-/HER2-和 HER2+情況下免疫反應模塊的標志,PLAU代表了

12、 HER2+情況下腫瘤侵襲的分子標志物,A fuzzy gene expression-based computational approach for improving breast cancer prognostication. Genome Biol 11:R18, 2010,A-Score= -0.024,兩組臨床試驗中，非常高的真陰性率并且不區(qū)分 HER2是否陽性,脫離文獻，挖掘數(shù)據(jù),所有樣本分類指標,腫瘤樣本特性標準,療