鏈狀亞歷山大藻高通量轉(zhuǎn)錄組測序與基因表達分析.pdf

1、赤潮是一種有害的生態(tài)現(xiàn)象,赤潮的發(fā)生對于人類身體健康、海洋環(huán)境、漁業(yè)以及旅游業(yè)都會產(chǎn)生嚴重的影響。隨著全球經(jīng)濟的加速發(fā)展,赤潮發(fā)生的頻率不斷增加,范圍不斷加大,產(chǎn)生的危害也不斷加劇,因此,赤潮成為了全球研究的熱點。赤潮的發(fā)生過程伴隨著赤潮生物的生物量爆發(fā)性的增殖和消亡,研究者們已經(jīng)從生理生態(tài)的方面對赤潮生物爆發(fā)性增殖進行了研究,但目前為止,關于赤潮爆發(fā)的分子機制研究較少。本文利用高通量測序技術(shù)對鏈狀亞歷山大藻延遲期、對數(shù)期和誘導下對數(shù)期

2、的轉(zhuǎn)錄組進行的測序,將得到的數(shù)據(jù)進行聚類去冗余,獲得鏈狀亞歷山大藻轉(zhuǎn)錄組的整體信息。在鏈狀亞歷山大藻的轉(zhuǎn)錄組中共得到118,304條unigenes,平均長度為673 bp。對這些unigenes的功能進行分析,共77,936條unigenes得到了功能注釋,其中不僅得到了編碼核心組蛋白的序列,而且也發(fā)現(xiàn)了編碼連接組蛋白的序列,并對該序列進行了深入分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)鏈狀亞歷山大藻的連接組蛋白基因具有一個古老的起源;24,194和22,956

3、條unigenes分別通過GO和COG進行了分類;另外,通過KEGG分析,發(fā)現(xiàn)16,467條unigenes參與到322條代謝通路中,其中有190條unigenes參與到內(nèi)吞代謝途徑中,對內(nèi)吞途徑進一步的分析發(fā)現(xiàn),其中包含網(wǎng)格蛋白和接頭蛋白AP2,推測網(wǎng)格蛋白依賴的內(nèi)吞作用可能在甲藻異養(yǎng)營養(yǎng)中發(fā)揮重要作用。對得到的unigenes進行結(jié)構(gòu)分析,共得到1,143個簡單重復序列位點,其中三核苷酸重復基序所占比例最多,并發(fā)現(xiàn)在二核苷酸重復基序

4、中CG/GC出現(xiàn)的頻率是最高的,與其他物種相比,表現(xiàn)出較大差異;另外,共檢測出21條含有可變剪接前導序列的unigenes,發(fā)現(xiàn)它們均為表達量高的unigenes。
　　同時,本實驗通過對三個樣本的轉(zhuǎn)錄組中的unigenes的表達量進行比較分析,對其中的一個差異基因—富含甘氨酸蛋白基因(grp),進行了全長擴增,通過結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)該基因含有冷休克結(jié)構(gòu)域,構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹顯示鏈狀亞歷山大藻中的grp基因是與冷休克結(jié)構(gòu)域蛋白具有較近的親