玉筋魚微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選及種群SSR分析.pdf

1、玉筋魚(Ammodytes personatus Girard)屬玉筋魚亞目、玉筋魚科、玉筋魚屬，俗稱面條魚、沙鉆，為冷溫性小型魚類，我國的渤海、黃海北部及朝鮮半島、日本和俄羅斯遠(yuǎn)東海區(qū)都有分布。為研究玉筋魚的群體遺傳結(jié)構(gòu)，本研究采用富集文庫法構(gòu)建玉筋魚的部分基因組文庫，根據(jù)自行分離得到的序列設(shè)計(jì)引物，11對引物擴(kuò)增出條帶清晰，多態(tài)性高的目的片段。利用其中的的6對引物(Ape104，Ape327，Ape341，Ape315，Ape302

2、，Ape319)對青島、愛知、福岡、禮文島和石狩灣5個(gè)群體進(jìn)行群體遺傳多樣性研究。論文主要研究結(jié)果如下： 1.提取玉筋魚基因組DNA，利用富集文庫法構(gòu)建其基因組文庫，篩選得到88條含微衛(wèi)星的序列，根據(jù)序列設(shè)計(jì)的31對引物中，11對可以擴(kuò)增出典型的微衛(wèi)星條帶。利用36個(gè)個(gè)體對能夠擴(kuò)增微衛(wèi)星條帶的位點(diǎn)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，結(jié)果顯示11對引物均具有較高的多態(tài)性。多態(tài)性引物中，擴(kuò)增出的等位基因數(shù)目從8到27個(gè)不等，平均等位基因數(shù)目為14.9，

3、觀測雜合度和期望雜合度分別為0.441到0.886和0.818到0.965。 2.在本研究中，6對微衛(wèi)星引物在5個(gè)群體中共擴(kuò)增得到124個(gè)等位基因，等位基因數(shù)在9-27之間，平均每個(gè)位點(diǎn)得到20.7個(gè)等位基因。有效等位基因數(shù)在6.7-22.4之間，平均每個(gè)位點(diǎn)檢測到15.7個(gè)有效等位基因。五個(gè)群體的平均觀測雜合度在0.60-0.86之間，平均期望雜合度介于0.84-0.92之間。六個(gè)位點(diǎn)均有較高的多態(tài)信息含量(PIC)，其值介于

4、0.83-0.95之間。 3.根據(jù)Nei(1972)計(jì)算種群間標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離和遺傳相似性系數(shù)。玉筋魚5個(gè)不同群體間的遺傳相似性系數(shù)為0.555-0.783，遺傳距離為0.352-0.684；表明5個(gè)群體間有一定的遺傳差異。其中，禮文島(Rebun Island)與愛知(Aichi)這2個(gè)群體間遺傳變異程度最高，親緣關(guān)系最遠(yuǎn)；石狩灣(Ishikari Bay)與禮文島(Rebun Island)的遺傳相似性系數(shù)最大，遺傳距離最近。其

5、聚類關(guān)系樹將5個(gè)群體分為2支。福岡，愛知，青島群體聚為一支，禮文島與石狩灣群體(屬于其研究的北部玉筋魚群體)聚為一支。 4.在5個(gè)玉筋魚群體平均遺傳分化指數(shù)(Fst)在0.0078-0.0365之間。北部群體即石狩灣和禮文島之間的遺傳分化指數(shù)為0.0078；顯著性水平大于0.05。南部群體和北部群體之間的遺傳分化指數(shù)在0.0265-0.0365之間，顯著性水平均小于0.01。利用Arlequin ver3.01軟件，計(jì)算南北組群