玉米本地化生物信息庫(kù)的構(gòu)建和QTL的整合、比較及元分析.pdf

1、分子標(biāo)記技術(shù)的建立與發(fā)展不僅促進(jìn)了基因（QTL）的遺傳定位研究，而且為在DNA水平上進(jìn)行物種間的比較基因組學(xué)研究提供了重要的技術(shù)手段。以水稻為模式生物的禾本科植物的QTL定位和基因組序列分析，產(chǎn)生了海量的數(shù)據(jù)與信息：如何結(jié)合不同作物、不同課題的研究成果，充分、有效地利用這些公共的生物信息，對(duì)生物信息學(xué)的發(fā)展提出了挑戰(zhàn)。本研究在構(gòu)建玉米本地化信息庫(kù)的基礎(chǔ)上，利用現(xiàn)有的玉米、水稻和禾本科其他物種的各類信息，進(jìn)行QTL的整合、優(yōu)化和比較基因組

2、學(xué)研究，旨在為促進(jìn)我國(guó)玉米基因或QTL的克隆提供新的研究策略并搭建生物信息平臺(tái)。研究32作獲得了以下結(jié)果： （1） 基于Red Hat Linux9.0操作系統(tǒng)，收集玉米、水稻和其它禾本科植物的序列、圖譜、標(biāo)記、QTL等大量相關(guān)信息，配置BLAST、CMap和SSR finder等生物信息軟件，初步建成玉米本地化生物信息庫(kù)。 （2） 利用玉米本地化信息庫(kù)現(xiàn)有信息和軟件，進(jìn)行玉米序列的電子定位，并對(duì)定位方法進(jìn)行了驗(yàn)證和

3、評(píng)估。 （3） 以玉米本地化生化信息庫(kù)為基礎(chǔ)，用高密度遺傳圖IBM2 Neighbors整合公開(kāi)發(fā)表的、控制68個(gè)性狀的1201個(gè)玉米QTL，構(gòu)建了用于分子標(biāo)記發(fā)掘、QTL定位、基因克隆和分子標(biāo)記輔助選擇的綜合圖譜。 （4） 利用CMap比較玉米QTL綜合圖和水稻QTL圖譜發(fā)現(xiàn)，玉米和水稻QTL的成簇分布具有普遍性；22個(gè)玉米株高QTL與64個(gè)水稻株高QTL位于標(biāo)記水平上的共線性區(qū)域，43個(gè)玉米產(chǎn)量QTL與7個(gè)水稻Q