利用隨機過程考察全基因組選擇方法的選擇效果.pdf

1、本研究的目的在于用計算機模擬方法考察全基因組選擇方法在獲得遺傳進展的同時，帶來的群體近交增量大小，同時比較不同育種值估計方法的準確性以及帶來的遺傳進展。選擇群大小為1000，根據(jù)估計育種值進行選種，設(shè)置兩種選擇強度，選擇20 代，用不同選種方法育種并計算近交增量和遺傳進展。模擬采用了三種遺傳力水平：0.3,0.5,0.8。比較了表型選擇、ICE(Iterative Conditional Expectation 迭代條件期望)，ECM(

2、Expectation Conditional Maximization 期望條件最大化)，LS(Least Squares 最小二乘方法)以及GS-BLUP(Genomic Selection Best Linear Unbiased Prediction 全基因組選擇BLUP)幾種育種值估計方法平均每代近交增量的大小，同時比較了不同選擇方法估計育種值的準確度。
　　 試驗結(jié)果顯示：
　　 (1)育種值估計準確度：不同

3、方法育種值估計準確度大小順序為：ECM2 方法＞
　　 ECM1和ICE 方法>GS-BLUP 方法＞表型選擇方法>LS 方法。ECM2 方法在0.72～0.85 左右，ECM1 方法和ICE 方法在0.68～0.79 左右，GS-BLUP 方法在0.61～
　　 0.79 左右，表型選擇在0.30～0.78 左右，LS 方法在0.29～0.57 左右。遺傳力越大，估計準確度增大。不同選擇強度和是否更新SNP 效應(yīng)對第1

4、002 代的育種值估計準確度影響不大。隨著選擇的進行，育種值估計準確度降低。
　　 (2)近交系數(shù)：隨著選擇的進行近交系數(shù)都在不斷增大。選擇強度越高，近交系數(shù)越大。不更新SNP 效應(yīng)時，選擇方法、遺傳力對近交系數(shù)無影響。低選擇強度時，選擇20 代后近交系數(shù)約為0.16以下；高選擇強度時，選擇20 代后近交系數(shù)可達到0.50以下。
　　 更新SNP 效應(yīng)時，近交系數(shù)排列順序為：ECM2 方法>GS-BLUP 方法>LS 方

5、法＞表型選擇方法。低選擇強度時，第20 代近交系數(shù)在0.20以下；高選擇強度時，第20代近交系數(shù)在0.55以下。
　　 (3)近交速率：隨著選擇的進行近交速率減小。選擇強度越高，近交速率越大。不更新SNP 效應(yīng)時，選擇方法、遺傳力對近交速率無影響。低選擇強度時近交速率在0.006～0.013 左右，高選擇強度時近交速率在0.03～0.05 左右。更新SNP 效應(yīng)時，近交速率比不更新SNP 效應(yīng)時要大。近交速率的大小順序為：ECM

6、2 方法>GS-BLUP 方法>LS 方法＞表型選擇方法。隨著遺傳力的增加，各種方法的近交速率差異減小。
　　 在低選擇強度時近交速率在0.007～0.015 左右。在高選擇強度時，近交速率在0.03～0.06左右。
　　 (4)遺傳進展：隨著選擇選擇的進行遺傳進展減小。遺傳力增加，短期及中期選擇遺傳進展都明顯增加，而中長期及長期區(qū)別并不明顯。從長期累計遺傳進展來看，不更新SNP 效應(yīng)，低選擇強度時，表型選擇方法在第20

7、 代時累計遺傳可達到6.5～6.8，GS-BLUP在4～5 左右，而LS 方法為2～3，其他方法在4 左右。高選擇強度時，表型選擇方法在第20 代時累計遺傳可達到5.5～7，GS-BLUP 在4～5.5 左右，而LS 方法為2～4，其他方法在4 左右。更新SNP 效應(yīng)，各種選擇方法累計遺傳進展類似，低選擇強度時，都在5～6.8之間。高選擇強度時，在5～7之間。
　　 總之，短期育種推薦ECM2 方法，中期及長期推薦GS-BLUP