基于群體分化指數(shù)FST的綿羊全基因組選擇信號(hào)檢測(cè).pdf

1、選擇信號(hào)(Selection Signatures)是生物在人工選擇過程中，由于選擇作用在基因組上留下的選擇印跡，通常情況下表現(xiàn)為染色體長(zhǎng)范圍的連鎖不平衡或者遺傳多態(tài)性的降低。隨著高密度全基因組SNP芯片的推出，使得在基因組范圍內(nèi)追蹤選擇印跡成為可能。
　　本研究基于蘇尼特羊、德國肉用美利奴羊和杜泊羊三個(gè)群體的Illumina OvineSNP50芯片分型數(shù)據(jù)，借助群體分化指數(shù)FST法進(jìn)行群體間選擇信號(hào)的檢測(cè)分析，應(yīng)用生物信息學(xué)方

2、法，分析尋找選擇信號(hào)區(qū)域內(nèi)的重要基因。實(shí)驗(yàn)羊群包括蘇尼特羊(n=66)、德國肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)三個(gè)品種共318個(gè)個(gè)體。利用綿羊50K全基因組SNP芯片進(jìn)行基因型測(cè)定，用Plink軟件進(jìn)行基因型質(zhì)量控制，標(biāo)準(zhǔn)為:樣本檢出率(Call Rate)大于0.9，SNP檢出率大于0.9，平均最小等位基因頻率(Minorallele Frenquency)大于0.03。在常染色體的選擇信號(hào)檢測(cè)中，共找到343個(gè)“離群”位

3、點(diǎn)，以核心SNP上下游各50kb區(qū)間為選擇信號(hào)作用區(qū)域，通過基因注釋找到這些位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的365個(gè)候選基因。其中部分基因與綿羊生長(zhǎng)、繁殖及肉質(zhì)性狀相關(guān)，如IGF2BP3、IGF1R、BMP2、BMPR1B、CAPN3等。通過GO富集分析發(fā)現(xiàn)，這些基因主要富集于去甲基化、新陳代謝等條目。
　　同時(shí)，還針對(duì)母羊個(gè)體對(duì)X染色體進(jìn)行選擇信號(hào)檢測(cè)，通過FST值的計(jì)算，選取所有位點(diǎn)中群體遺傳分化指數(shù)FST值最大的5％的位點(diǎn)進(jìn)行群體間選擇信號(hào)的檢測(cè)