家兔毛色候選基因MC1R、AGOUTI、TYR、TYRP1及MLPH的研究分析.pdf

1、基因控制著毛色色素的形成和類型，從而能夠決定哺乳動(dòng)物的毛色。不同種屬哺乳動(dòng)物的毛色由不止一個(gè)基因決定；這些基因不僅能在突變后影響毛色的形成，而且能夠通過(guò)彼此間的相互作用控制毛色的產(chǎn)生。所以尋找控制家兔各毛色的主效基因?qū)τ诩彝妹募兓哂兄匾饬x，其中黑素皮質(zhì)素受體1（MC1R）基因、鼠灰色（AGOUTI）基因、酪氨酸酶(TYR)基因、酪氨酸酶相關(guān)蛋白1（TYRP1）基因及毛色位點(diǎn)稀釋（MLPH）基因是與家兔毛色有關(guān)的五個(gè)候選基因。本實(shí)

2、驗(yàn)以青島康大兔業(yè)發(fā)展有限公司與山東農(nóng)業(yè)大學(xué)聯(lián)合培育的749只肉兔及蒙陰益達(dá)兔業(yè)有限公司與山東農(nóng)業(yè)大學(xué)聯(lián)合培育的399只長(zhǎng)毛兔為實(shí)驗(yàn)材料，共計(jì)1148只。采樣時(shí)根據(jù)顏色將家兔分為黃色、黑色、麻色、白色、青紫藍(lán)及八點(diǎn)黑色。對(duì)各種顏色先進(jìn)行混池測(cè)序，利用DNAMAN軟件及chromas軟件尋找各顏色候選基因編碼區(qū)的SNPs位點(diǎn)；再對(duì)發(fā)現(xiàn)的每種顏色的每個(gè)SNPs位點(diǎn)取20個(gè)樣本單獨(dú)擴(kuò)增測(cè)序，對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證，統(tǒng)計(jì)基因型及基因型頻率，篩選控制

3、該顏色的主效控制基因。
　　MC1R基因：本研究在家兔 MC1R基因的外顯子發(fā)現(xiàn)四個(gè)突變位點(diǎn)（1）317→346 ins30，（2）346G→A，（3）568T→C，（4）292-297del6，四個(gè)突變位點(diǎn)在不同毛色家兔中的存在情況不同：黃色家兔未發(fā)現(xiàn)突變，黑色、麻色、白色、青紫藍(lán)及八點(diǎn)黑色家兔中四個(gè)突變位點(diǎn)的存在復(fù)雜多樣，因此單個(gè)MC1R基因無(wú)法決定家兔是何種毛色。
　　AGOUTI基因：本實(shí)驗(yàn)在AGOUTI基因的四個(gè)外

4、顯子的研究發(fā)現(xiàn)，在基因的第一、第三及第四外顯子各毛色家兔未發(fā)現(xiàn)SNPs位點(diǎn)，在第二外顯子發(fā)現(xiàn)2個(gè)突變位點(diǎn)（5）294G→A，（6）315G→A兩個(gè)突變位點(diǎn)，兩個(gè)位點(diǎn)發(fā)生連鎖且只存在黃色、麻色及青紫藍(lán)色的家兔中。黃色、麻色家兔的EEFF基因型為優(yōu)勢(shì)基因型，其頻率分別為0.95及0.85；青紫藍(lán)色家兔的EeFf基因型為優(yōu)勢(shì)基因型，其頻率為0.8。
　　TYR基因:本實(shí)驗(yàn)對(duì)TYR基因的五個(gè)外顯子研究發(fā)現(xiàn)4個(gè)突變位點(diǎn)，位點(diǎn)（7）210G→

5、A，（8）176G→C，（9）197A→C及（10）240A→C，其中位點(diǎn)7位于第一外顯子，位點(diǎn)8及位點(diǎn)9位于第二外顯子，位點(diǎn)10位于第三外顯子。突變位點(diǎn)7及位點(diǎn)8，突變后其優(yōu)勢(shì)基因型頻率較低，直接作用于毛色的影響小，對(duì)實(shí)驗(yàn)研究意義不大；只有八點(diǎn)黑色家兔在位點(diǎn)9發(fā)生突變，II基因型為其優(yōu)勢(shì)基因型，且基因型頻率為1，因此突變位點(diǎn)9可以作為八點(diǎn)黑色家兔的篩選標(biāo)記。在突變位點(diǎn)10處，黃色家兔及八點(diǎn)黑色家兔的JJ基因型為優(yōu)勢(shì)基因型，其基因型頻率

6、為1，黑色家兔及青紫藍(lán)色家兔的Jj基因型為優(yōu)勢(shì)基因型，其基因型頻率為1，麻色家兔及白色家兔jj基因型為優(yōu)勢(shì)基因型，其基因型頻率為1。
　　TYRP1基因：本實(shí)驗(yàn)對(duì)TYRP1基因的七個(gè)外顯子研究發(fā)現(xiàn)3個(gè)突變位點(diǎn)（11）73C→T，（12）155Tdel，（13）158T→A，且突變位點(diǎn)12及13構(gòu)成連鎖，只發(fā)生在黃色家兔中，MMNN基因型為其優(yōu)勢(shì)基因型，且基因型頻率為1；在其他顏色家兔中未發(fā)現(xiàn)位點(diǎn)12及位點(diǎn)13的突變，因此推測(cè)此基因

7、位點(diǎn)的突變與家兔黃色的產(chǎn)生有關(guān)。位點(diǎn)11突變后其優(yōu)勢(shì)基因型頻率較低，直接作用于毛色的影響小，對(duì)實(shí)驗(yàn)研究意義不大.
　　MLPH基因：本實(shí)驗(yàn)對(duì)MLPH基因的第五外顯子研究發(fā)現(xiàn)兩個(gè)突變位點(diǎn)（14）206T→C及位點(diǎn)（15）208C→T。通過(guò)研究發(fā)現(xiàn)，各顏色家兔在位點(diǎn)14及位點(diǎn)15處的突變種類復(fù)雜，因此無(wú)特征性的突變。由此得出，單獨(dú)的MLPH基因與家兔毛色的產(chǎn)生意義不大。
　　本研究對(duì)影響毛色的五個(gè)候選基因的編碼區(qū)進(jìn)行擴(kuò)增測(cè)序，分

8、析了它們與毛色的關(guān)系。通過(guò)比較分析各顏色家兔SNP位點(diǎn)的信息，結(jié)合分子生物學(xué)的研究方法，本實(shí)驗(yàn)推測(cè)出了各顏色的主要控制基因及該顏色的基因型，黃色家兔的主要控制基因?yàn)門YRP1基因，基因型為MM；黑色家兔的主要控制基因?yàn)锳GOUTI基因與TYR基因，基因型為eeJj；麻色家兔的主要控制基因?yàn)锳GOUTI基因與TYR基因，基因型為EEjj；白色家兔的主要控制基因?yàn)锳GOUTI基因與TYR基因，基因型為eejj；青紫藍(lán)色主要控制基因?yàn)锳GOU