河北柴雞MC1R基因變異研究.pdf

1、黑素皮質(zhì)素受體1(melanocortin 1 Receptor，MC1R）基因作為影響家禽羽色遺傳的一個(gè)重要基因，本研究以MC1R基因作為影響家禽羽色的候選基因，采用PCR產(chǎn)物直接測序的方法，對河北柴雞的黑羽、灰麻、黃麻和白羽四個(gè)色系，以及海蘭褐和羅曼褐兩個(gè)配套系紅羽雞MC1R基因的整個(gè)編碼區(qū)進(jìn)行了單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）篩查和遺傳多樣性分析，并采用SNPs基因型頻率和單倍

2、型等位基因頻率相結(jié)合的方法分析了MC1R基因SNPs與雞羽色的關(guān)系，以及各羽色中等位基因的分布情況，以探討MC1R基因變異對河北柴雞對羽色遺傳的影響，從而為河北柴雞新品系的選育提供參考依據(jù)。
　　 結(jié)果表明，經(jīng)過一個(gè)世代的提純，主要羽色類型，即灰麻和黃麻在整個(gè)品種中的含量分別提高了7.52％和7.60％。尤其灰麻在整個(gè)品種中居于主要地位，所占比例接近60％，為今后今后的提純擴(kuò)繁打下了基礎(chǔ)。并且這兩個(gè)色系的各核苷酸多樣性參數(shù)也有所

3、降低，純合基因型e+(AB220303)/e+(AB220303)和e+(Brown Leghone)/e+(Brown Leghone)的分布明顯增多，提純效果比較顯著。
　　 利用PCR產(chǎn)物直接測序法，在所有分析群體的雞MC1R基因編碼區(qū)篩查到18個(gè)SNPs，而在河北柴雞中發(fā)現(xiàn)10個(gè)新SNPs，即97T>A、178G>A、207G>A、334C>T、398T>C、409G>A、486C>T、550delA、551delA和5

4、52delC（或552C>T）。然后對各群體進(jìn)行遺傳多樣性分析，發(fā)現(xiàn)河北柴雞各色系的單倍型多樣性（0.727～0.905）、核苷酸多樣性（0.0039～0.0052）和平均核苷酸差異數(shù)（2.551～3.381）都明顯比海蘭褐和羅曼褐高。
　　 通過對MC1R基因各SNPs與羽色相關(guān)性分析，發(fā)現(xiàn)9個(gè)SNPs，即69C>T、212T>C、274G>A、376G>A、398T>C、427A>G、636G>A、637T>C和644A>C

5、所形成的各種MC1R基因型與雞羽色性狀均達(dá)到了極顯著或顯著水平。并結(jié)合氨基酸水平的單倍型等位基因分布進(jìn)行了分析，推測Val126Ile突變（376G>A）可能也會形成一個(gè)組成型活性受體，與Glu92Lys突變共同影響真黑素的分布。
　　 根據(jù)對各單倍型等位基因在不同羽色中分布的統(tǒng)計(jì)，發(fā)現(xiàn)河北柴雞的黑羽系以顯性等位基因E(AY220304)為主；灰麻和黃麻系分別以隱性等位基因e+(AY220303)和e+(Brown Leghon

6、e)為主；其中e+(Brown Leghone)是海蘭褐和羅曼褐這兩種紅羽雞的優(yōu)勢等位基因。另外，羅曼褐中Allele18的頻率也較高，結(jié)合該品種的選育途徑，推測該等位基因可能是eWh。
　　 本研究結(jié)果表明，經(jīng)過一個(gè)世代的選育，河北柴雞羽色的選育均取得了一定進(jìn)展，并且該品種的MC1R基因遺傳多樣性豐富，與其豐富的羽色相應(yīng)，可以為今后的選育提供優(yōu)良基因資源。某些SNPs與羽色顯著或極顯著相關(guān)，推測MC1R基因是雞羽色的主要候選基