基于COI基因序列的中國(guó)東南沿海四指馬鲅屬魚類的遺傳多樣性分析.pdf

1、四指馬鲅屬(Eleutheronoma)是廣泛分布于印度-西太平洋的名貴海洋魚類,也是東南亞地區(qū)各國(guó)重要的養(yǎng)殖對(duì)象。本文在對(duì)中國(guó)東南沿海10個(gè)地理群體194尾四指馬鲅屬魚類進(jìn)行形態(tài)鑒定的基礎(chǔ)上,通過PCR擴(kuò)增技術(shù)和DNA直接測(cè)序法測(cè)定魚體線粒體COI基因序列,結(jié)合從GeneBank下載的印度洋、澳大利亞北部沿海以及中國(guó)西沙和南沙等海域的四指馬鲅屬魚類DNA同源序列共207條基因序列,進(jìn)行遺傳分析,得到如下結(jié)果:
　　1、四指馬鲅屬

2、魚類的分類地位
　　四指馬鲅屬魚類在NJ樹中聚類為3個(gè)明顯譜系,根據(jù)各譜系間的遺傳距離、遺傳分化指數(shù)(Fst值)以及外部形態(tài)特征鑒定結(jié)果,結(jié)合歷史資料,確定中國(guó)東南沿海大多數(shù)四指馬鲅屬魚類為多鱗四指馬鲅(E.rhadinum);確定E.coecus Macleay為有效種,東興大部分個(gè)體、福州少數(shù)個(gè)體與澳大利亞全部個(gè)體均為本種,且中國(guó)沿海和澳大利亞北部海域
　　E.coecus群體間存在較大的遺傳分化,或?yàn)椴煌膩喎N。東興個(gè)

3、別樣品與印度洋海域的四指馬鲅屬魚類聚類,根據(jù)四指馬鲅(E.tetradactylus)地模標(biāo)本的地理分布情況,初步認(rèn)為這個(gè)譜系為四指馬鲅,考慮到廣闊的印度洋和東興海域難以排除出現(xiàn)新譜系的可能,暫將其定義為E.cf.tetradactylus。
　　2、四指馬鲅屬魚類的遺傳多樣性和遺傳分化
　　中國(guó)東南沿海多鱗四指馬鲅總體的單倍型多樣性(Hd)和核苷酸多樣性(Pi)分別為0.5296±0.0888和0.001626±0.001

4、240,表現(xiàn)出高的單倍型多樣性和低的核苷酸多樣性;其中東海區(qū)群體的單倍型多樣性和核苷酸多樣性（Hd=0.6486±0.1023和Pi=0.002392±0.001673)高于南海區(qū)(Hd=0.3684±0.1350,Pi=0.000650±0.000703)。就采樣地點(diǎn)來看,舟山群體的單倍型多樣性和核苷酸多樣性最高（Hd=0.6000±0.2152,Pi=0.001951±0.001658),洞頭其次,潭門群體的單倍型多樣性和核苷酸多樣

5、性最低(Hd=0.2500±0.1802,Pi=0.000407±0.000577),表現(xiàn)出從北到南,單倍型多樣性和核苷酸多樣性逐漸降低的變化趨勢(shì)。另外,中國(guó)東海區(qū)和南海區(qū)多鱗四指馬鲅的遺傳分化指數(shù)和遺傳距離結(jié)果顯示,中國(guó)沿海多鱗四指馬鲅沒有明顯的遺傳分化。
　　中國(guó)東南沿海與澳大利亞北部沿海E.coecus的單倍型多樣性分別為0.5029±0.1128和0.8195±0.0165,核苷酸多樣性分別為0.000894±0.0008

6、59和0.002936±0.001886,總體看,澳大利亞總體單倍型多樣性和核苷酸多樣性都高于中國(guó)沿海。然而,就不同地理群體而言,中國(guó)東興E.coecus的單倍型多樣性和核苷酸多樣性(Hd=0.5441±0.1110,Pi=0.000980±0.000917)與澳大利亞的Eighty-mileBeach(Hd=0.4302±0.0835,Pi=0.000767±0.000755)、Arthur Creek(Hd=0.5323±0.069

7、4,Pi=0.001041±0.000918)和PortAlma(Hd=0.6222±0.0705,Pi=0.001218±0.001017)3個(gè)地理群體的結(jié)果接近。另外,中國(guó)沿海和澳大利亞E.coecus群體間的遺傳分化指數(shù)為0.86274±0.00000,遺傳距離為0.037,說明中國(guó)和澳大利亞群體間具有較大的遺傳分化。
　　3、四指馬鲅屬魚類的種群歷史動(dòng)態(tài)
　　根據(jù)核苷酸岐點(diǎn)分布圖,以及Tajima’s D值和Fu’s

8、值,計(jì)算得到中國(guó)東南沿海多鱗四指馬鲅總體的種群擴(kuò)張時(shí)間約為6.1萬年前,東海區(qū)約為25萬年前,南海區(qū)約為3.9萬年前,處于第四紀(jì)冰期。東興的E.coecus群體種群歷史上沒有發(fā)生快速的種群擴(kuò)張,與澳大利亞群體間存在明顯遺傳分化,分化時(shí)間約為170萬年前。
　　4、中國(guó)東南沿海四指馬鲅屬魚類的管理與保護(hù)
　　中國(guó)東南沿海分布的四指馬鲅屬魚類為3個(gè)種,其中東興海區(qū)包含了2個(gè)種,應(yīng)重點(diǎn)保護(hù);中國(guó)沿海大部分地區(qū)都為多鱗四指馬鲅,分子