不同生長階段慈竹筍轉(zhuǎn)錄組的研究.pdf

1、本研究首次采用新一代高通量轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對10cm、50cm、100cm和150cm四個不同生長高度的慈竹筍進行轉(zhuǎn)錄組測序，對測序得到的原始數(shù)據(jù)進行拼接組裝、結(jié)構(gòu)分析、功能注釋、表達分析等一系列生物信息學(xué)分析，主要結(jié)果如下:
　　1.慈竹10cm、50cm、100cm和150cm四個樣品分別得到4.06Gb、4.20Gb、1.58Gb和4.14Gb的數(shù)據(jù)量，組裝后分別得到56，743、56，862、39，480和56，404條Un

2、igenes，最后做進一步的聚類分析，整合得到慈竹物種的Unigene數(shù)據(jù)庫，共111，137條Unigenes，覆蓋度在80％以上的Unigenes有64，403條，占慈竹Unigenes總數(shù)的57.95％。共有110，179條Unigenes成功預(yù)測到ORF;對1kb以上的Unigenes（21，518條）做SSR分析，發(fā)現(xiàn)5，163條Unigenes含有SSRs。
　　2.慈竹111，137個Unigenes中有63，094

3、(56.77％)條Unigenes在COG、GO、KEGG、Swiss-Prot和Nr數(shù)據(jù)庫中被注釋。
　　3.慈竹四個樣品間差異表達基因最多的為10cmvs150cm(2，601條Unigenes)，其次是10cmvs50cm（1，828條Unigenes），最少的是50cmvs100cm(1,224條Unigenes)。
　　4.慈竹四個樣品間纖維素和木質(zhì)素合成途徑中關(guān)鍵酶基因的差異表達分析表明，大部分Unigenes都

4、隨著筍高度的增加，呈現(xiàn)不同程度的上調(diào)表達，只有少部分Unigenes下調(diào)表達。
　　5.在四個不同生長高度的慈竹筍中鑒定了9種差異表達的轉(zhuǎn)錄因子，其中最多的是MYB（36條）;其次是WRKY和bHLH（都有28條）;最少的是HD-ZIP（2條）。
　　6.慈竹四個樣品的Unigenes分別與水稻、毛竹、短柄草、玉米和高粱等禾本科植物轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)據(jù)庫進行Blast比對，其與毛竹相匹配的基因數(shù)最多，其次依次是水稻、短柄草、高粱和