酸性土壤中嗜酸稀有放線菌的多樣性及多相分類研究.pdf

1、該文介紹了放線菌和嗜酸放線菌的分類學(xué)研究進(jìn)展,研究了中國酸性土壤中稀有放線菌的生物多樣性,并采用以分子分類、系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析、化學(xué)分類、形態(tài)特征和生理生化特性相結(jié)合的多相分類方法對(duì)3株土壤新分離菌株進(jìn)行了分類學(xué)研究.實(shí)驗(yàn)中,從江西、云南、北京采集的10份酸性土樣,采用分散和差速離心法和常規(guī)分離方法分離出嗜酸放線菌252株.研究表明,其中90%以上為鏈霉菌.通過形態(tài)觀察、pH梯度生長實(shí)驗(yàn)和細(xì)胞壁化學(xué)組分分析篩選出稀有放線菌代表菌株20株,對(duì)

2、它們做了ARDRA分析和16S rDNA序列分析.ARDRA分析表明,它們呈11種不同的圖譜類型,其中9株的圖譜相同,另外4株的圖譜與之差異不大,而其余7株的圖譜與之差異很大且各不相同.16S rDNA序列分析表明,20株稀有放線菌中的18株分別屬于6個(gè)已知屬,其中13株屬于諾卡氏菌屬(Nocardia),它們?cè)谙到y(tǒng)發(fā)育樹上處于多個(gè)進(jìn)化分枝;各有1株分別屬于壤球菌屬(Agrococcus)、節(jié)桿菌屬(Arthrobacter)、北里孢菌

3、屬(Kitasatospora)、考克斯菌屬(Kocuria)和嗜酸鏈霉菌屬(Streptacidiphilus);其余2株是迄今尚未定名的一個(gè)新科("Ellin5034 group")中的成員.實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,酸性土壤中的嗜酸稀有放線菌具有較豐富的種屬多樣性,其中諾卡氏菌屬(Nocardia)是一優(yōu)勢菌群.20株稀有放線菌的16S rDNA序列分析表明,分離菌株117、43401和12202與其相關(guān)種之間具有相對(duì)低的序列相似性,被選擇以

4、進(jìn)行進(jìn)一步的多相分類研究.在以16SrDNA序列為基礎(chǔ)的系統(tǒng)發(fā)育樹上,菌株117和43401在諾卡氏菌屬的輻射分枝范圍內(nèi)形成單獨(dú)的兩個(gè)兩枝.其中,菌株117的16S rDNA序列與Nocardia pseudobrasiliensis ATCC 51512<'T>最相近(序列相似性98.2%);菌株43401的16S rDNA序列與Nocardia nova JCM 6044<'T>最相近(序列相似性98.7%).在以16S rDNA序

5、列為基礎(chǔ)的系統(tǒng)發(fā)育樹上,菌株12202和一個(gè)迄今尚未定名、尚未生效發(fā)表的新科("Ellin5034 group")的5個(gè)成員形成緊密相關(guān)的單獨(dú)分枝,菌株12202的16S rDNA序列與該新科成員的序列相似性最高達(dá)99.4%.DNA同源性分析結(jié)果也表明,菌株117和43401都是諾卡氏菌屬中的新種,建議分別定名為密云諾卡氏菌(Nocardia miyunensis sp.nov.)和江西諾卡氏(Nocardia jiangxiensis