TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)系.pdf

1、TRIT1、MYCL1、MFSD2A是位于染色體1p34.2上的三個相鄰基因，本課題組前期研究和已有的文獻報道表明這三個基因中均存在著影響腫瘤發(fā)生發(fā)展的單核苷酸多態(tài)性位點（SNPs），提示它們可能是腫瘤候選易感基因。
　　本課題采用以醫(yī)院為基礎(chǔ)的病例-對照研究方法。在福建漢族人群中，收集610例胃癌患者的癌旁正常胃粘膜組織和608例健康對照者的空腹外周靜脈血，試劑盒抽提組織和血液基因組DNA，測DNA質(zhì)量和濃度并稀釋分裝保存；選擇

2、TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因及其上下游20kb范圍內(nèi)的片段作為研究的目的片段（locus：40,286,708-40,455,638），登錄HapMap數(shù)據(jù)庫，下載保存中國北京漢族人在該目的片段內(nèi)的基因分型數(shù)據(jù)（數(shù)據(jù)來源：HapMap Data REL27/phase II+IIIon NCBI B36 assembly，dbSNPb126），導(dǎo)入Haploview軟件,按照r2>0.8,較小等位基因頻率MAF>0.05的標(biāo)

3、準(zhǔn)選擇標(biāo)簽SNP（tSNP）。最終共選擇19個tSNP，利用sequenom基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜（MALDI-TOF MS）技術(shù)進行基因分型。結(jié)合研究人群的人口學(xué)資料和臨床病理資料，對分型數(shù)據(jù)進行單位點、單倍型和位點互作分析并評價TRIT1、MYCL1、MFSD2A區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。
　　結(jié)果：
　　（注：rs16826649嚴(yán)重偏離Hardy-Weinberg平衡，被剔除出后續(xù)的分析）。<

4、br>　　1．單位點分析
　　1.1 TRIT1基因區(qū)域
　?、贁y帶SNP rs6600301 CA基因型的腸型胃癌患者發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險顯著增加（校正OR=1.718，95％CI=1.095-2.696，P=0.019）。
　?、赟NP rs2172362 CT基因型顯著增加胃癌患者發(fā)生非賁門癌的風(fēng)險（校正 OR=1.709，95%CI=1.157-2.525，P=0.007）。
　?、蹟y帶SNP rs230

5、310 CT基因型的患者發(fā)生非賁門癌的風(fēng)險顯著增加（校正OR=1.670，95%CI=1.166-2.392，P=0.005），但發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險降低（校正OR=0.688，95%CI=0.481-0.985，P=0.041），在腸型胃癌中這種降低效應(yīng)更加明顯（校正OR=0.586，95%CI=0.399-0.932，P=0.022）。
　　④SNP rs11581557 GG基因型對男性群體發(fā)生胃癌有保護作用（校正OR=0.

6、578，95%CI=0.371-0.901，P=0.016），而TG基因型則顯著增加胃癌患者的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移風(fēng)險（校正OR=1.637，95%CI=1.127-2.377，P=0.01）。
　　⑤SNP rs1999573、rs11576724、rs761164與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　　1.2 MYCL1基因區(qū)域
　?、賁NP rs3134615（位于3’UTR）的等位基因頻率在病例組和對照組分布有顯著差異（0.0

7、25 vs0.047，P=0.0035）。
　?、赟NP rs3134613、rs7548524、rs3103780與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　　1.3 MFSD2A基因區(qū)域
　?、?SNP rs4233508(位于啟動子區(qū))CC基因型增加了胃癌患病風(fēng)險（校正OR=1.354，95%CI=1.038-1.766，P=0.026），在60歲以下人群中這種風(fēng)險效應(yīng)更加顯著（校正OR=1.741，95%CI=1.196-

8、2.534，P=0.004），此外，CC基因型也增加了發(fā)生賁門部胃癌和中或高分化腸型胃癌的風(fēng)險（校正 OR=1.511，95%CI=1.042-2.192，P=0.029；校正 OR=1.495，95%CI=1.081-2.067，P=0.015）；TC基因型則對60歲以下人群發(fā)生胃癌有保護作用（校正 OR=0.671，95%CI=0.492-0.914，P=0.011）。
　?、赟NP rs11207227TT基因型顯著增加60

9、歲以下人群患癌風(fēng)險（校正OR=1.637，95%CI=1.087-2.464，P=0.018）。
　　③攜帶SNP rs12083239 GC基因型患者更易于發(fā)生彌漫型胃癌（校正OR=1.738，95%CI=1.117-2.703，P=0.014）。
　?、躵s6676052、rs3103778、rs12072696、rs10889095與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　　2．單倍型分析
　　將對照組數(shù)據(jù)導(dǎo)入Hap

10、loview軟件，構(gòu)建了5個單倍域（block），采用PHASE軟件推算每個單倍域內(nèi)的單倍型以及二倍型頻率并進行相關(guān)分析。
　　①Block2包含rs2172362，rs230310，rs11581557，rs761164，其中一單倍型“CCGT”顯著增加胃癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移風(fēng)險（校正OR=1.913，95%CI=1.366-2.708，P=0.000），在腸型胃癌中這種效應(yīng)雖有所減弱，但依然存在（校正OR=1.535，95%CI=1.

11、070-2.193，P=0.024）。
　?、贐lock3包含rs3134613和rs7548524，其中一單倍型“TG”顯著降低罹患胃癌的風(fēng)險（校正OR=0.641，95%CI=0.446-0.923，P=0.017），在男性群體中這種保護效應(yīng)有所增強（校正OR=0.579，95%CI=0.374-0.895，P=0.014）。
　?、跙lock5包含rs11207227和rs12072696，其中一單倍型“CC”顯著增加

12、罹患賁門癌的風(fēng)險（校正OR=1.65，95%CI=1.135-2.394，P=0.010）。
　?、蹷lock1包含rs1999573，rs11576724，rs6600301，block4包含rs4233508，rs6676052，rs3103778，它們中的單倍型與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　?、莞鱞lock二倍型未見與胃癌陽性相關(guān)。
　　3．位點互作分析
　　采用MDR數(shù)據(jù)挖掘方法發(fā)現(xiàn)，TRIT1與MYC

13、L1、MYCL1與MFSD2A存在互作關(guān)系。TRIT1及MYCL1之間由rs6600301、rs2172362、rs230310、rs11581557、rs3134615和rs3103780組成的六位點模型、MYCL1和MFSD2A之間由rs3134615、rs4233508、rs6676052，rs11207227和rs12072696組成的五位點模型，具有最小的預(yù)測誤差和最大的交叉驗證一致性，是預(yù)測胃癌易感性的最佳互作模型。

14、　　結(jié)論：
　　1.TRIT1、MYCL1、MFSD2A區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。在TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因區(qū)域發(fā)現(xiàn)了多個與胃癌陽性關(guān)聯(lián)的SNP和單倍型，尤其是TRIT1基因區(qū)域的一個單倍型“CCGT”能夠顯著增加胃癌患者淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險，MFSD2A基因區(qū)域的一個單倍型“CC”能夠顯著增加罹患賁門癌的風(fēng)險。這兩個單倍型有望成為判斷胃癌易感性和評估患者預(yù)后的重要分子標(biāo)志物。TRIT1與MYCL1之間