甘肅省結(jié)核分枝桿菌臨床分離株基因分型初步研究.pdf

1、目的:評價間隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位點可變數(shù)量串聯(lián)重復(fù)序列分析(MLVA)兩種分型方法在甘肅省結(jié)核病分子流行病學(xué)中的應(yīng)用，初步探索甘肅省結(jié)核分枝桿菌的基因型及其分布，為防治結(jié)核病提供科學(xué)依據(jù)。 方法:利用MLVA和Spoligotyping基因分型方法，對確診的結(jié)核病患者分離的結(jié)核分枝桿菌進行基因分型研究。MLVA方法選擇了15個VNTR位點，設(shè)計引物，采用PCR擴增、瓊脂糖凝膠電泳檢測，并利用BioN

2、umerics4.5軟件進行DNA指紋圖譜多態(tài)性分析。Spoligotyping方法通過雜交技術(shù)對雜交結(jié)果進行聚類分析。最后用Spss11.0統(tǒng)計軟件對相關(guān)資料進行統(tǒng)計分析。結(jié)果采用Spoligotyping分型方法，215株結(jié)核分枝桿菌可分為3個基因群22種基因型，該地區(qū)主要流行株為北京家族基因型。也發(fā)現(xiàn)了在國內(nèi)較少報道的H、T、MANU家族基因型菌株。北京家族菌株構(gòu)成比在不同年齡組、性別、地區(qū)、發(fā)病情況、治療情況和治療史比較，除了蘭

3、州市病人菌株北京家族構(gòu)成比明顯大于非蘭州市病人菌株外(p<0.05)，其他不同分組顯示北京家族構(gòu)成比差別沒有統(tǒng)計學(xué)意義。發(fā)現(xiàn)北京家族與非北京家族基因型菌株的耐藥率之間差異無統(tǒng)計學(xué)意義。采用MLVA分型方法，根據(jù)被檢菌株15個VNTR位點的重復(fù)次數(shù)，對215株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株進行聚類分析，215株結(jié)核分枝桿菌呈現(xiàn)7個基因群127種基因型，其中e群74.88％(161/215)為主要流行型(Spoligotyping鑒定為北京家族基因

4、型)。不同人群結(jié)核分枝桿菌成簇率的差別，除了有抗結(jié)核治療史患者菌株成簇率高于無抗結(jié)核治療史患者外，性別、年齡、是否規(guī)則治療、耐藥性之間的成簇率差異都無統(tǒng)計學(xué)意義。對甘肅地區(qū)結(jié)核分枝桿菌進行MLVA分型的位點中，MIRU21、MIRU26位點等位基因多態(tài)性最好，ETR-A、ETR-E、MIRU16、MIRU40位點呈中等多態(tài)性。兩種新型的基因分型技術(shù)相比較，Spoligotyping分型方法把215株結(jié)核分枝桿菌分為22種基因型，而MLV

5、A分型方法把215株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株分為127種基因型。對同一基因型的結(jié)核分枝桿菌分型的符合率為94.41％。結(jié)論初步結(jié)果證實甘肅省結(jié)核病患者結(jié)核分枝桿菌分離株基因型具有多態(tài)性。北京基因型結(jié)核分枝桿菌為該地區(qū)主要流行株、也發(fā)現(xiàn)了中國較為少見的基因型菌株H、T、MANU等基因型。目前的結(jié)果尚不能證明北京家族基因型結(jié)核分枝桿菌與耐藥性之間存在相關(guān)性。MIRU21.、MIRU26、ETR-A、ETR-E、MIRU16、MIRU40等位點

6、是分析甘肅省結(jié)核分枝桿菌基因型的首選位點。Spoligotyping在對結(jié)核分枝桿菌進行株水平鑒定時，其辨別能力略低于MAVA，它可以用于有效的鑒定北京家族菌株，有較為完善的國際數(shù)據(jù)庫，可以進行地區(qū)間的對比分析。MLVA省時、省力、準確、易于比較或共享的基因分型對含有IS6110拷貝數(shù)小于6的菌株有較好的鑒別能力。兩種新型的基因分型技術(shù)相比較，MLVA分型方法比Spoligotyping分型方法的分辨力較好，但是兩種方法相互補充可大大提