應用IlluminaMiSeq高通量測序技術分析牡丹種子內生細菌的種群多樣性.pdf

1、植物內生細菌是生活在植物組織內部、不引起植物病害的、并對植物具有抗病、抗逆境及促生作用的一類微生物，牡丹作為我國傳統(tǒng)的觀賞和藥用植物，了解其種子內部微生物的種群多樣性，了解不同牡丹品種對植物內生細菌種群組成的影響，從而為內生細菌的進一步開發(fā)利用奠定理論基礎和應用前提。
　　本研究以四個牡丹品種“風丹白”、“雪蓮”、“洛陽紅”和“島錦”的種子為材料，采用高通量測序的方法，分別測定牡丹種子內部內生細菌的種群組成，通過提取牡丹種子樣本的

2、總DNA，構建16S rDNA V3-V4區(qū)文庫，對16S rDNA V3-V4文庫進行高通量測序分析，從而對牡丹種子中內生細菌的多樣性及群落結構進行研究，研究結果如下：
　?。?）通過Alpha多樣性來反應牡丹種子中內生細菌的多樣性和群落的物種豐富度，其中稀釋性曲線、Chao1曲線、Shannon-Wierner曲線、Simpson指數(shù)以及 Rank-Abundance曲線均表明，四個牡丹樣品中微生物豐度和均勻度較好，測序量能較

3、好的覆蓋樣品內所有細菌類群；
　?。?）四個牡丹品種中細菌種群主要分屬22個門，其中Proteobacteria門細菌為優(yōu)勢菌群，四個牡丹品種“鳳丹白”、“雪蓮”、“洛陽紅”和“島錦”在整個文庫中的比例分別為64.5％、60.6%、56.0%和64.7%；其次為 Firmicutes和Bacteroidetes、Actinobacteria和 TM7細菌類群在整個文庫中的比例也相對較高。四個牡丹品種中細菌種群分屬為67個綱，其中G

4、ammaproteobacteria為優(yōu)勢類群，在整個文庫中所占比例為47.3%，除此之外Clostridia、Alphaproteobacteria、Bacilli、Bacteroidia和Betaproteobacteria也為優(yōu)勢種群，四個牡丹品種中細菌種群分屬為313個屬，其中優(yōu)勢屬主要為Succinivibrio、Serratia、Acinetobacter、Enterobacteriaceae、Pseudomonas、Bac