秦川牛及其雜交后代生長發(fā)育性狀幾個候選基因的遺傳分析.pdf

1、本研究采用基因克隆、電子克隆、PCR-RFLP三種技術(shù)手段，以秦川牛及其與利木贊牛、德國黃牛、紅安格斯牛雜交F1代(4月齡)4個牛群體共計164個個體為研究對象，分析了MYOG、MRF4、H-FABP、CAST基因的遺傳變異，并以體尺性狀作為衡量牛生長發(fā)育性狀的指標(biāo)，運用最小二乘線性模型，對所檢測到的多態(tài)位點與生長發(fā)育性狀的關(guān)系進(jìn)行了分析，探討了MYOG、MRF4、H-FABP、CAST基因作為影響牛生長發(fā)育候選基因的可能性，克隆了MY

2、OG基因的全序列，電子克隆了MRF4。所得結(jié)果如下： 1.牛MYOG基因的克隆與分析 根據(jù)GenBank中已公布的人、豬和小鼠的MYOG基因的序列設(shè)計了PCR引物，利用PCR技術(shù)擴增了牛MYOG基因的全序列，并構(gòu)建了重組的克隆載體pGEM-T-MYOG。通過PCR擴增、限制性酶切對陽性克隆進(jìn)行鑒定，并對其進(jìn)行了測序及生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，牛MYOG基因的序列長度為3175bp，其與豬、人和小鼠相應(yīng)序列的同源性分別為8

3、6％，78％和73％，在不同物種之間具有一定的保守性。 2.牛MRF4基因的電子克隆與分析 將牛的MRF4基因的cDNA序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進(jìn)行Blastn分析，得到一個相似性極高的牛的gDNA序列(GenBank：AC138166)，通過Blast2sequence、Genscan、HMMgene和GENEID程序分析AC138166，推測其中包含的牛的MRF4基因由3個外顯子構(gòu)成。牛MRF4全基因序列與大鼠MRF4基

4、因在1817bp具有77％的相似性，與小鼠MRF4基因在1661bp具有72％的相似性。分別用NeuralNetworkPromoter和McPromoterprediction程序預(yù)測了牛MRF4的5'側(cè)翼序列中可能的啟動子。 3.MYOG基因啟動子PCR-RFLP與牛生長發(fā)育性狀的相關(guān)分析 MYOG基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測結(jié)果表明：在秦川牛(Q)及其雜種牛安秦(AQ)、德秦(DQ)、利秦(LQ)群體中，MYO

5、G-Hinfl基因座的位點間雜合度(He)分別為0.0431/0.1976/0.0688/0.0814；位點間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1.405/1.2463/1.0739/1.8007；位點間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.0382/0.1872/0.0664/0.0781。MYOG-SmaI基因座的位點間雜合度(He)分別為0/0.1528/0/0.0416；位點間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1/1.1804/1/1.0473；

6、位點間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0/0.1412/0/0.0407。MYOG-XhoI基因座的位點間雜合度(He)分別為0/0/0/0.0814；位點間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1/1/1/1.0866；位點間多態(tài)信息含量(PIC)0/0/0/0.0781。利用最小二乘線性模型對MYOG-Hinfl基因座的多態(tài)位點不同基因型與生長發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗，結(jié)果表明：群體內(nèi)AA基因型個體在體重、胸圍、體長指標(biāo)上顯著高于群體的AB型個

7、體，即AA＞AB(P＜0.05)，存在著A等位基因高于B等位基因的趨勢。利用最小二乘線性模型對MYOG-SmaⅠ和MYOG-XhoⅠ基因座的多態(tài)位點不同基因型與生長發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗，結(jié)果表明：群體不同基因型在體重、體尺指標(biāo)-體高、體長、胸圍、十字部高、腰角寬、尻長和坐骨端寬指標(biāo)上無顯著差異(P＞0.05) 4.MRF4基因啟動子PCR-RFLP與牛生長發(fā)育性狀的相關(guān)分析 MRF4基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測

8、結(jié)果表明：秦川牛及其雜種牛AQ、DQ、LQ群體的MRF4-XbaⅠ的基因座位點間雜合度(He)分別為0.1987/0.2450/0.2227/0.2745；位點間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1.2480/1.3245/1.3637/1.3841；位點間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.1889/0.2150/0.1979/0.2368。利用最小二乘線性模型對此多態(tài)位點不同基因型與生長發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗，結(jié)果表明：群體內(nèi)AA基因型個

9、體在體重、胸圍、十字部高和尻長指標(biāo)上顯著高于群體的AB、BB型個體，即AA＞AB、BB(P＜0.05)，存在著A等位基因高于B等位基因的趨勢。 5.H-FABP基因PCR-RFLP與牛生長發(fā)育性狀的相關(guān)分析 H-FABP基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測結(jié)果表明：秦川牛及其雜種牛AQ、DQ、LQ群體的H-FABP-HaeⅢ基因座位點間雜合度(He)分別為0.3554/0.3750/0.2927/0.2598；位點間有效等位

10、基因數(shù)(Ne)分別為1.5513/1.4318/1.6/1.413位點間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.2927/0.3047/0.250/0.2520。利用最小二乘線性模型對此多態(tài)位點不同基因型與生長發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗，結(jié)果表明：群體內(nèi)BB基因型個體在體重指標(biāo)上顯著高于群體的AB、AA型個體，即BB＞AB、AA(P＜0.05)，存在著B等位基因高于A等位基因的趨勢。 6.CAST基因PCR-RFLP與牛生長發(fā)育性狀的相

11、關(guān)分析 CAST基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測結(jié)果表明：秦川牛及其雜種牛AQ、DQ、LQ群體CAST-XmnI基因座的位點間雜合度(He)分別為0.4555/0.4984/0.4964/0.4918；位點間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1.8365/1.9936/1.9861/1.9967；位點間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.3518/0.3742/0.3772/0.3078。利用最小二乘線性模型對此多態(tài)位點不同基因型與生長發(fā)