毛竹AFLP和ISSR標(biāo)記的序列分析.pdf

1、擴(kuò)增片段長度多態(tài)性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP）、微衛(wèi)星（Microsatellite or Simple Sequence Repeat，SSR）和簡單序列重復(fù)區(qū)間（Inter-Simple Sequence Repeat，ISSR）標(biāo)記具有多態(tài)性高和共顯性等特點，是毛竹（Phylbstachys pubescens）基因組研究不可缺少的一種重要工具?；贏FLP、ISSR和

2、SSR研究在毛竹上有待開展和加強(qiáng)，本文進(jìn)行了以下四個方面的研究：
　　 1.克隆和SSR Hunter分析了75個非重復(fù)AFLP標(biāo)記序列，結(jié)果顯示：（1）序列長度在227bp到900bp之間，平均長度為568bp；（2）雙堿基重復(fù)三次及以上的位點為76個，三堿基重復(fù)三次及以上位點為20個，四堿基、五堿基重復(fù)三次及以上的位點分別為3個和1個；（3）三次以上雙堿基重復(fù)位點GA（TC）出現(xiàn)的頻率最高為33個，GT（CA），AT（TA）

3、出現(xiàn)的頻率次之為23和20個，GC（CG）重復(fù)沒有出現(xiàn)；（4）重復(fù)堿基出現(xiàn)的比率約為55：1，即每55個堿基中有1個是重復(fù)序列中的堿基。
　　 2.AFLP標(biāo)記序列的BLAST分析結(jié)果：（1）28條AFLP標(biāo)記序列在基因組文庫中找到同源序列，相似系數(shù)在0.045～4E-93之間，（2）最高同源植物為竹子Arundinaria alpina，其同源基因是類轉(zhuǎn)座子的無功能轉(zhuǎn)座酶基因，相似系數(shù)為4E-93；（3）與水稻同源序列最多為1

4、2個，分別定位在水稻基因組的1、4、5、8、9、11號染色體，其相似系數(shù)介于6.00E-06～3.00E-88之間；（4）6個序列與釀酒葡萄鳥槍序列同源，相似系數(shù)在0.011～3.00E-55之間，還與其它植物擬南芥、小麥等的編碼序列同源，相似系數(shù)在3.00E-06～2.00E-26之間；（5）與動物及人基因組相似序列序列7條，相似系數(shù)為0.045～7.00E-09。
　　 3.克隆和SSR Hunter分析49個非重復(fù)ISSR

5、標(biāo)記序列，結(jié)果：（1）序列中ISSR序列30條，大小在319和1121bp之間，平均大小為627bp，單測為SSR的序列19條；（2）3、4、5、7次的雙堿基重復(fù)位點為68、16、7、4個；三堿基重復(fù)3、4、5、6次的位點為23、6、2、1個；四堿基重復(fù)3、4次的位點為6、1個；六堿基重復(fù)3次的位點1個；（3）ISSR序列的雙堿基重復(fù)排列出現(xiàn)頻率為AG（CT）或GA（TC）和GT（AC）或TG（CA）重復(fù)位點最多為63和44個，AT（T

6、A）次之為28個，GC（CG）重復(fù)位點最少為14個，與AFLP序列顯示相同的規(guī)律；（4）三次以上重復(fù)堿基出現(xiàn)的比率約為25：1，即每25個堿基中有1個是重復(fù)中的堿基，其比率比AFLP序列高一倍以上?？紤]到兩端引物序列，其比率將比AFLP序列高出2～3倍，是一種簡單，高效富集SSR的好方法。
　　 4.ISSR標(biāo)記序列的BLAST比對發(fā)現(xiàn)：（1）同源序列25個，同源相似系數(shù)在0.04～8.00E-172之間；其中編碼序列11個，同

7、源相似系數(shù)為0.04～1.00E-35；（2）同源性最高序列為水稻或高粱線粒體基因組，相似系數(shù)為8.00E-172；（3）與水稻基因組有19個相似序列，分布在水稻基因組的1、2、3、4、5、7、8、9、11、12號染色體上；（4）除水稻外還與玉米、釀酒葡萄、小麥幾種植物同源，相似系數(shù)為0.016～1.00E-35。
　　 本研究對毛竹AFLP和ISSR兩種分子標(biāo)記進(jìn)行了序列分析，得出毛竹基因組中的堿基重復(fù)規(guī)律：GA（TC）出現(xiàn)的