玉米基因組中SINE轉(zhuǎn)座子的發(fā)掘和特性研究.pdf

1、短分散核因子(SINE)是一類反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子，它廣泛的分布在真核生物的基因組當中。SINEs的功能和作用在哺乳動物中已經(jīng)被很好的研究，它們在物種基因組進化和起源、基因表達調(diào)控和系統(tǒng)發(fā)育及生物多樣性評價中都扮演了重要的角色。然而在植物中，SINEs的研究還僅僅處于一個初級階段，尤其在玉米中甚至還沒有專門的關(guān)于SINE的報導。本實驗以玉米基因組為研究對象，利用現(xiàn)有的玉米基因組序列數(shù)據(jù)，通過生物信息學的手段，在玉米基因組中發(fā)現(xiàn)并分離了二個不同的

2、SINE轉(zhuǎn)座子(Zm-SINE1和Zm-SINE2)，并對它們的轉(zhuǎn)座特性進行了系統(tǒng)的研究。為以后玉米SINEs的研究、玉米起源和進化以及玉米分子標記的開發(fā)提供基礎(chǔ)。本實驗的主要研究結(jié)論如下： 1、通過利用測序及數(shù)據(jù)庫比對的方法，我們在玉米基因組中共發(fā)現(xiàn)和分離兩個SINE家族，Zm-SINE1和Zm-SINE2。它們在目前的數(shù)據(jù)庫中分別有539個和70個同源序列，因此預計它們在玉米基因組中的拷貝數(shù)分別為2500和350。

3、2、 Zm-SINE1 和 Zm-SINE2都偏好于插入到基因組 A/T 富集區(qū)域。同時它們整合基因組位點上并不是隨機的，還是有一種特殊偏好性。在5′切割位點上，Zm-SINE1偏好于5′TT/ABBNT-3′區(qū)域，而在3′切割上則偏好于5′-TT/B-3′區(qū)域。Zm-SINE2在5′切割位點上偏好于5′T/A-3′，在3′切割位點上則不明顯。 3、 Zm-SINE1 更偏好于插入到功能基因相關(guān)區(qū)域。在研究的50個Zm-SINE