中國(guó)南方9個(gè)黃牛群體mtDNA D-loop區(qū)遺傳多樣性和起源進(jìn)化研究.pdf

1、本論文采用PCR和DNA測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)方法測(cè)定并分析了來(lái)自中國(guó)南方6個(gè)省/自治區(qū)的9個(gè)地方黃牛群體共計(jì)66個(gè)個(gè)體的mtDNA D-100p區(qū)全序列。同時(shí)，為了分析我國(guó)南方黃牛品種的遺傳多態(tài)性、品種間的親緣關(guān)系以及母系起源，從GenBank下載另外17個(gè)南方黃牛群體的124條mtDNA D-100p區(qū)全序列。將這兩方面數(shù)據(jù)集合起來(lái)，共26個(gè)南方黃牛群體190條D-100p全序列經(jīng)多序列比對(duì)分析，獲得如下結(jié)果： 1、南方9個(gè)黃

2、牛群體66個(gè)個(gè)體的D-100p區(qū)共檢測(cè)到71個(gè)核苷酸替代突變位點(diǎn)，約占核苷酸總數(shù)的7.8％，按信息位點(diǎn)類型分，單態(tài)突變位點(diǎn)(singleton variable sites)21個(gè)，簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)(parsimony informative sites)50個(gè)；按突變類型分，轉(zhuǎn)換位點(diǎn)65個(gè)，顛換位點(diǎn)6個(gè)，轉(zhuǎn)換和顛換之比為10.8，轉(zhuǎn)換與顛換存在1處，插入與缺失在存4處。黃牛D-100p 5個(gè)不同區(qū)域：1～240bp，241～610bp，6

3、11～712bp，713～850bp與851～910bp的多態(tài)核苷酸出現(xiàn)頻率分別為：13.16％，65.7％，2.63％，15.79％，2.63％。66個(gè)個(gè)體的平均核苷酸差異數(shù)(K)為21.758，核苷酸多樣度(兀)為.2.399％。 2、66個(gè)南方黃牛個(gè)體mtDNA D-100p區(qū)全序列的71個(gè)核苷酸替代突變共定義了30個(gè)單倍型，單倍型多樣度(Hd)為0.8399±0.044，其中包括20個(gè)普通牛類型和10個(gè)瘤牛類型。26個(gè)普

4、通牛個(gè)體在20個(gè)單倍型中的分布比較均勻，單倍型多樣度Hd為0.960，反映出十分豐富的多樣性。40個(gè)瘤牛中有26個(gè)個(gè)體被共享一種單倍型i1，單倍型多樣度為O.5731，與普通牛相比低很多。基于Kimura-2-parameter遺傳距離構(gòu)建南方9個(gè)黃牛群體D-100p區(qū)單倍型的NJ分子系統(tǒng)樹(shù)，30個(gè)單倍型明顯的分為2個(gè)大支，分別代表普通牛和瘤牛。 3、南方9個(gè)黃牛群體中，云南昭通牛、四川涼山牛單倍型多樣度最大，與其它黃牛群體的遺

5、傳距離最大，江西錦江牛、湖南湘西牛單倍型多樣度最小，群體內(nèi)遺傳差異最小，兩者之間的遺傳距離最?。换贙imura-2-parameter遺傳距離構(gòu)建南方9個(gè)黃牛群體D-100p區(qū)親緣關(guān)系分子系統(tǒng)樹(shù)，四川平武牛顯示出不同的聚類情況。 4、南方26個(gè)黃牛群體mtDNA D-100p區(qū)共檢測(cè)到了111個(gè)核苷酸替代突變位點(diǎn)，約占核苷酸總數(shù)的12.2％，其中單態(tài)突變位點(diǎn)41個(gè)，簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)70個(gè)，轉(zhuǎn)換發(fā)生92處，顛換18處，轉(zhuǎn)換和顛換之比

6、為5.11，轉(zhuǎn)換與顛換共存4處，插入與缺失存在7處，D-100p 5個(gè)不同區(qū)域：1～240 bp，241～610 bv，611～712 bp，713～850 bp與851～910bp的多態(tài)核苷酸出現(xiàn)頻率分別為：22.88％，53.39％，1.70％，14.41％，7.63％，190條序歹0的平均核苷酸差異數(shù)(K)為22.518，核苷酸多樣性(兀)為2.510％，190個(gè)個(gè)體經(jīng)對(duì)比后顯示出77個(gè)單倍型，平均單倍型多樣度(Hd)為0.873

7、±0.022?；贙imura-2一parameter遺傳距離構(gòu)建26個(gè)南方南方黃牛群體mtNA D-100p區(qū)77個(gè)單倍型的分子系統(tǒng)樹(shù)，77個(gè)單倍型明顯的聚為2個(gè)分支，分別是80個(gè)普通牛個(gè)體所擁有的47個(gè)單倍型和110個(gè)瘤牛個(gè)體所擁有的30個(gè)單倍型。與非洲瘤牛、巴厘牛、斑騰牛的比較中，發(fā)現(xiàn)一個(gè)黃牛個(gè)體(宣漢.A7)與巴厘牛的親緣關(guān)系較近，說(shuō)明在中國(guó)南方黃牛形成的過(guò)程中，曾經(jīng)有限度的受到巴厘牛的影響，但影響不大；沒(méi)有發(fā)現(xiàn)牦牛、斑騰牛的母

8、系血統(tǒng)；四川群體多顯示出較特殊的聚類位置，提示四川群體的起源不止限于歐系普通牛和印系瘤牛這兩大古牛；云南高峰牛、貴州黎平牛的瘤牛部分不同于印度瘤牛。 5、南方26個(gè)黃牛群體中的80個(gè)普通牛分布在T2、T3、T4這3個(gè)單倍型組中。T2、T3、T4在普通牛中的比例分別是：16.25％、68.75％、15％；110個(gè)南方瘤牛分布在11、12兩個(gè)單倍型組中，屬于12的個(gè)體只有7個(gè)，11、12在瘤牛中的比例分別是93.64％、6.36％。在11單