鱘形目部分種類基于線粒體COⅠ基因的分子進化研究.pdf

1、鱘形目(Acipenseriformes)是硬骨魚綱中唯一現(xiàn)存的大型軟骨硬鱗魚類。它具有的古老地位和復雜的生物學特點，使探討其進化和分類成為一直以來的研究熱點。我們通過測定15種鱘形目魚類線粒體細胞色素C氧化酶亞基Ⅰ基因序列（其中7種序列來源于GenBank，另外8種序列為直接測序所得），分析該序列的分子進化特點，并以此構建這15種鱘形目魚類的系統(tǒng)發(fā)育樹。主要研究結果歸納如下：
　　 1.經過比對后的15條序列長度為681bp，

2、有保守位點507個，變異位點174個，簡約信息位點120個。所有序列沒有觀察到堿基的缺失或插入。鳥嘌呤核苷酸(G)的平均含量明顯低于其余三種核苷酸的平均含量，即序列表現(xiàn)出明顯的堿基組成偏向性。
　　 2.密碼子第一位堿基的轉換和顛換Ts/Tv的比率為23.1，密碼子第三位堿基的Ts/Tv為6.0，密碼子第二位點未觀測到任何變異。在氨基酸序列的組成上，同樣表現(xiàn)出了明顯的密碼子使用偏倚性。由Kimura's two-paramete

3、r模型得到的成對序列之間的遺傳距離K在0.0074到0.1576之間，鱘科(Acipenseridae)和白鱘科(Polyodontidae)的平均遺傳距離為0.1408。轉換和顛換的數(shù)目與遺傳距離呈良好的線性關系，表明序列進化未達到飽和。
　　 3.非同義替代的速率遠遠小于同義替代，其速率比(dN/dS)全部小于1，平均速率比為0.0221，其中dN=0.0095士0.0025,ds=0.4306士0.0379。中性檢驗的結果

4、均小于1,P＞0.1，表明mtCOⅠ序列的進化歷程偏離了中性模式，但未達到統(tǒng)計學上的顯著水平，負選擇（凈化選擇）是該段基因進化的主要的驅動力。
　　 4.相對速率檢驗的結果顯示，除閃光鱘(Acipenser stellatus)的進化速率稍有不協(xié)調外，其他鱘魚的進化速率保持基本一致。說明分子鐘假設在鱘形目的mtCOⅠ基因中應該是成立的，根據鱘科和白鱘科的平均遺傳距離和分歧時間，應用分子鐘公式V=K/2T估算mtCOⅠ基因的進化速