基于EST的超高產(chǎn)橡膠樹膠乳基因表達譜分析及其高產(chǎn)機理探討以及壇紫菜絲狀孢子體基因表達分析.pdf

1、浙江大學生命科學學院博士學位論文基于EST的超高產(chǎn)橡膠樹膠乳基因表達譜分析及其高產(chǎn)機理探討以及壇紫菜絲狀孢子體基因表達分析姓名：方永軍申請學位級別：博士專業(yè)：生物信息學指導教師：于軍胡松年20080613浙江大學博士學位論文摘要伸因子(REF)、小橡膠粒子蛋白(SRPP)、甲羥戊酸激酶(MK)、磷酸甲羥戊酸激酶(PMK)和異戊烯基焦磷酸異構(gòu)酶(IPPI)在超高產(chǎn)膠中表達量較高，推測它們與橡膠高產(chǎn)相關(guān)紫菜兼具重要的經(jīng)濟價值和理論研究價值，

2、有著典型的世代交替生活史，巳逐漸成為海洋藻類研究的模式生物壇紫菜是我國特有的栽培品種，本研究是首次對壇紫菜進行大規(guī)模的EST測序和分析以及數(shù)據(jù)庫構(gòu)建，初步探討了壇紫菜孢子體世代基因表達特征和世代問差異表達基因隨機測序11000個克隆，經(jīng)過聚類拼接得到2182條TCs，其Singlet1310條，Conti9872條經(jīng)同源搜索發(fā)現(xiàn)，690條TC序列能在NCBI數(shù)據(jù)庫中找到其高度同源序列，注釋率為32％。功能分析發(fā)現(xiàn)孢子體世代功能基因主要集

3、中于細胞過程和代謝過程，其中又以綁定和催化活性功能相關(guān)基因比例最高(818ESTs，占總有效測序量153％)，其次為大分子復合物、細胞器組成、核酸綁定、水解酶活性、氧化還原等功能代謝途徑分析表明，除磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)以外，PCK型C4固碳途徑中的關(guān)鍵酶均被發(fā)現(xiàn)，特別是磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶(PEPCK)基因高峰度表達，推測壇紫菜絲狀體世代很可能存在高效率的c4固碳途徑盡管壇紫菜與條斑紫菜在形態(tài)上非常相似，但在基因組成上