黑龍江省部分地區(qū)奶牛三種重要人獸共患原蟲的分子鑒定及其遺傳學(xué)特征.pdf

1、目錄 ＼嗍必目 錄摘要?????????????????????????????????????????????．．I英文摘要?????????????????????????????????I I I1 引言????????????????????????????????????????????．11 ．1 隱孢子蟲基因分型和亞型分型??????????????????????21 ．2 隱孢子蟲多位點序列分型和群體遺傳學(xué)??????

2、?????????????41 ．3 隱孢子蟲比較基因組學(xué)?????????????????????????．61 ．4 畢氏腸微孢子蟲的基因分型???????????????????????????．61 ．5 畢氏腸微孢子蟲多位點序列分型和群體遺傳學(xué)??????????????????71 ．6 芽囊原蟲基因分型????????????????????????????91 ．7 研究目的與意義????????????????????

3、??????????92 材料和方法??????????????????????????????．．1 12 ．1 材料??????????????????????????????????????????1 12 ．1 ．1 臨床糞便樣本采集和流行病學(xué)資料收集?????????????????1 12 ．1 ．2 主要試劑?????????????????????????????????????1 12 ．1 ．3 主要儀器設(shè)備????

4、???????????????????????????????1 22 ．2 方法??????????????????????????????????????????1 22 ．2 ．1 D N A 提取?????????????????????????????????????．1 22 ．2 ．2 三種原蟲蟲種或基因型的鑒定?????????????????????????1 22 ．2 ．3 微小隱孢子蟲亞型分型和多位點序列分型??

5、??????????????1 32 ．2 ．4 畢氏腸微孢子蟲多位點序列分型???????????????????．．1 42 ．2 ．5P C R 產(chǎn)物測序??????????????????????????????．．1 52 ．2 ．6 測序結(jié)果分析???????????????????????????????．1 52 ．2 ．7 統(tǒng)計學(xué)分析和風(fēng)險因素分析?????????????????????．．1 52 ．2 ．8 系統(tǒng)

6、進(jìn)化分析???????????????????????????．1 63 結(jié)果?????????????????????????????????．1 73 ．1 不同群體奶牛三種腸道原蟲的感染情況??????????????????．1 73 ．2 隱孢子蟲的蟲種鑒定?????????????????????????．．2 03 ．3 微小隱孢子蟲亞型鑒定及多位點序列分型結(jié)果????????????????2 l3 ．4 畢氏腸微孢子蟲

7、基因型鑒定及系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果???????????????2 23 ．5 畢氏腸微孢子蟲多位點序列分型及系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果?????????????2 43 ．6 芽囊原蟲的基因型鑒定及系統(tǒng)進(jìn)化分析??????????????????．．2 93 ．7 影響隱孢子蟲感染率的風(fēng)險因素?????????????????????．．2 94 討論????????????????????????????????????????????3 24 ．

8、1 黑龍江省奶牛隱孢子蟲的感染情況和蟲種分布????????????????3 24 ．2 微小隱孢子蟲的亞型分布和多位點序列分型????????????????．．3 3C O N T E N T SC O N T E N T SA b s t r a c ti n C h i n e s e ????．．．??．．???????．．???????????????????????IA b s t r a c ti nE n g l i

9、 s h ????．．?．??．????．?．．??????．．．．．??．?．．??．??．．．??????I I II I n t r o d u c t i o n ?????．．??????．．．????．．????．??????．．????????????．11 ．I G e n o t y p i n g a n ds u b t y p i n go fC r y p t o s p o r i d i u m s p p

10、 ?????????????????????21 ．2 M u l t i l o c u s s e q u e n c e t ) ，p i n ga n d p o p u l a t i o ng e n e t i c so fC r y p t o s p o r i d i u ms p p ?????????·41 ．3 C o m p a r a t i v eg e n o m i c so f C r y

11、 p t o s p o r i d i u ms p p ??????????????????????··61 ．4G e n o t y p i n go f E n t e r o c y t o z o o nb i e n e u s i ?????????????????????????·?61 ．5 M u l t i l o c u s s e q u e n c e t y P i n g

12、a n d p o p u l a t i o ng e n e t i c so f E ．b i e n e u s i ??????????????4 71 ．6 S u b , p i n g o f B l a s t o c y s t i s ?????????????????????????????????91 ．7 P u r p o s e a n d s i g n i f i c a n c eo f t h i

13、 sr e s e a r c h ?????????????????????????··92M a t e r i a l sa n d m e t h o d s ???????????????????????????????????1 12 ．1 M a t e r i a l s ?．．．．???．．．?．??????．????????????．?．．???．．????????·1 12 ．1 ．1

14、 C l i n i c s p e c i m e n a n de p e d i m i o l o g i cd a t ac o l l e c t i o n ??????????．????????··1 12 ．1 ．2 M a i n e x p e r i m e n t a lr e a g e n t s ?????????????????????????????·1 12 ．1 ．3

15、I n s t r u m e n t sa n de q u i p m e n t s ?????????????????????????????·1 22 ．2 M e t h o d s ????????????????????????????????????????．1 22 ．2 ．1 D N A e x t r a c t i o n ?．?????????．?．．?????．????．?．．???．．．???．

16、??．．．?1 22 ．2 ．2 G e n o t y p i n g o rs u b t y p m go f C r y p t o s p o r i d i u m s p p ．，E b i e n e u s ia n d B l a s t o c y s t i s ????1 22 ．2 ．3S u b t y p i n ga n dm u l t i l o c u ss e q u e n c e t y p

17、 i n go fC p a w u m ?·???????????????1 32 ．2 ．4 M u l t i l o c u ss e q u e n c e t y p i n go f Eb i e n e u s i ??????????????????????- ·1 42 ．2 ．5S e q u e n c i n gp o s i t i v eP C R p r o d u c t s ???

18、??．???．．????- ·- ????··??????·?·152 ．2 ．6S e q u e n c e a n a l y s i s ．?．???．??．．?????．???．．?????···???·······???·??··1 52 ．2 ．

19、7S t a t i s t i c a la n dr i s kf a c t sa n a l y s i s ???????????????????????????·1 52 ．2 ．8P h y l o g e n e t i ca n a l y s i s ???．????????????????????·????????··l o3R e s u I t s ???????????

20、???????????????????．????????????··1 73 ．1 P r e v a l e n c eo f t h et h r e ep r o t o z o a n s ????????????????????????????·1 73 ．2C r y p t o s p o r i d i u ms p e c i e si n d a i r yc a t t l e ???

21、?????????????????2 03 ．3 S u b t y p e sa n dm u l t i l o c u sg e n o t y p e s o fC p a r v u m ?????????????????????··2 l3 ．4E b i e n e u s ig e n o t y p e s i n d a i r yc a t t l ea n dp h y l o g e n e

22、 t i c a n a l y s i s ???????????????·2 23 ．5 M u l t i l o C U Sg e n o t y p e so f E ．b i e n e u s ia n dp h y l o g e n e t i ca n a l y s i s ??．????????????···2 43 ．6 劇甜f D 鱸咖s u b t y p e si

23、n d a i r yc a t t l ea n d p h y l o g e n e t i c a n a l y s i s ???????????????·2 93 ．7 F ∞t o r S 勰s o c i a t e dw i t h t h ep r e v a l e n c eo f c r y p t o s p o r i d i o s i s ?????????????????2 94D i s

24、 c u s s i o n ?????????????????????????????????????????·3 24 ．1 P r e v a l e n c ea n d s p e c i e s ／g e n o t y p ed i s t r i b u t i o no fC r y p t o s p o r i d i u ms p p ????????????3 24 ．2 S u b t y p e