胸膜肺炎放線桿菌轉(zhuǎn)錄圖譜和蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析.pdf

1、分類號(hào)華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文密級(jí)胸膜肺炎放線桿菌轉(zhuǎn)錄圖譜和蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析C o n s t r u c t i o na n d c h a r a c t e r i z a t i o no f t h e s i n g l en u c l e o t i d er e s o l u t i o nt r a n s c r i p t o m em a p a n d p r o t e i n p r o t

2、 e i ni n t e r a c t i o nn e t w o r k o f A c t i n o b a c i l l u s p l e u r o p n e u m o n i a e研究生學(xué) 號(hào)蘇志鵬： 2 0 1 1 3 0 2 0 1 0 0 4 6指導(dǎo)教師 ： 陳煥春院士指導(dǎo)小組 ： 周銳教授黎璐副教授徐卓菲副教授專業(yè)：預(yù)防獸醫(yī)學(xué) 研究方向： 動(dòng)物細(xì)菌學(xué)獲得學(xué)位名稱：農(nóng)學(xué)博士 獲得學(xué)位時(shí)間： 2 0 1

3、6 年6 月華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院二。一六年六月胸膜肺炎放線桿菌轉(zhuǎn)錄圖譜和蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析目錄摘要??????????????????????????????????????????????????一iA b s t r a c t ???????．???．．???．．．．．．．．．?．．．．．．．．．．?．．．．．．．．．．?．．．．．．，．．???????????????????．i v縮略語表( A b b r e v

4、i a t i o n ) ????????????????????????????。v i i第一章文獻(xiàn)綜述?????????????????????????????????11 ．1 豬傳染性胸膜肺炎概述???????????????????????????11 ．1 ．1 豬傳染性胸膜肺炎的病原學(xué)??????????????????????l1 ．1 ．2 豬傳染性胸膜肺炎的流行現(xiàn)狀及危害??????????????????21

5、．1 ．3 胸膜肺炎放線桿菌基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展?????????????51 ．2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述??????????????????????????????1 01 ．2 ．1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的意義????????????????????????．．1 01 ．2 ．2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的基本方法???????????????????????1 l1 ．2 ．3 細(xì)菌轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展???????????????????????．．1

6、 41 ．3 R N A ．s e q 技術(shù)及其應(yīng)用???????????????????????????1 81 ．3 ．1 R N A —s e q 技術(shù)簡(jiǎn)介??????????????????????????1 91 ．3 ．2 測(cè)序技術(shù)的發(fā)展??????????????????????????．1 91 ．3 ．3 R N A ．s e q 的流程???????????????????????????2 31 ．3 ．4R N

7、A - s c q 技術(shù)及其優(yōu)缺點(diǎn)???????????????????????2 41 ．3 ．5R N A ．s e q 的應(yīng)用???????????????????????????2 61 ．3 ．6R N A ．s e q 技術(shù)中存在的挑戰(zhàn)?????????????????????一2 81 ．3 ．7R N A ．s e q 技術(shù)在細(xì)菌轉(zhuǎn)錄組研究中應(yīng)用展望???????????????3 01 ．4 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)概述??

8、???????????????????????3 1第二章胸膜肺炎放線桿菌單堿基分辨率轉(zhuǎn)錄圖譜的構(gòu)建與分析????????????一3 42 ．1 前言?????????????????????????????????????????????．3 42 ．2 實(shí)驗(yàn)材料????????????????????????????????．3 52 ．2 ．1 菌株????????????????????????????????????????

9、?。3 52 ．2 ．2 主要試劑盒和培養(yǎng)基????????????????????????．．3 52 ．2 ．3 主要儀器設(shè)備???????????????????????????．3 72 ．3 實(shí)驗(yàn)方法????????????????????????????????．3 82 ．3 ．1 細(xì)菌復(fù)蘇?????????????????????????????．．3 82 ．3 ．2 生長特性試驗(yàn)???????????????????

10、????????．3 82 ．3 ．3 細(xì)菌D N A 的提取及菌株鑒定?????????????????????。3 82 ．3 ．4R N A 樣品的制備??????????????????????????．3 92 ．3 ．5 R N A 的質(zhì)量檢測(cè)??????????????????????????．4 22 ．3 ．6e D N A 第一鏈的合成( 用于R T - P C R 實(shí)驗(yàn)) ???????????????．．4 32

11、 ．3 ．7R N A ．s e q 測(cè)序文庫制備????????????????????????．4 42 ．3 ．8R N A ．s e q 文庫測(cè)序??????????????????????????4 42 ．4 數(shù)據(jù)分析方法??????????????????????????????．4 52 ．4 ．1 轉(zhuǎn)錄組分析的原始數(shù)據(jù)???????????????????????．．4 52 ．4 ．2 原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估??????

12、??????????????????．．4 52 ．4 ．3 測(cè)序數(shù)據(jù)與胸膜肺炎放線桿菌J L 0 3 株基因組的匹配???????????4 62 ．4 ．4 基因表達(dá)水平的確定及標(biāo)準(zhǔn)化????????????????????．．4 72 ．4 ．5 豬胸膜肺炎放線桿菌轉(zhuǎn)錄組全局分析?????????????????．．4 82 ．5 結(jié)果與分析???????????????????????????????5 22 ．5 ．1 豬胸膜