寧夏回漢族人群五個易感區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與非綜合征型唇腭裂的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、目的:唇腭裂是人類最常見的一種出生缺陷,世界范圍內(nèi)統(tǒng)計的發(fā)病率約為1.67/1000。根據(jù)全身是否伴發(fā)其他畸形,唇腭裂可以分為非綜合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromiccleftlipwithorwithoutcleftpalate,NSCL/P)和綜合征型唇腭裂(syndromiccleftoflipwithorwithoutpalate,SCL/P)。NSCL/P多被學(xué)界認(rèn)為是一種多基因遺傳病,由遺傳和環(huán)境因素相互作用共

2、同引起,具有顯著的遺傳異質(zhì)性。其遺傳異質(zhì)性表現(xiàn)在不同種族群體中其患病率也有所不同。國內(nèi)外陸續(xù)報道了10多個與NSCL/P有關(guān)的候選易感基因和位點,其中1q32(IRF6),1p36.3(MTHFR),1q22-1q24(SKI),2p13(TGFA),2q33(SUMO1),4p16(MSX1),6p23-25(F13A,HGP22、AP2),11q23-q24(PVRL1),14q24(TGFB3),17q21(RARA),19q13

3、(BCL3,TGFB1)等,這些基因的相關(guān)位點得到了較多研究的支持。
　　近期,在唇腭裂遺傳病因?qū)W研究方面,出現(xiàn)了4個全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wideassociationstudies,GWAS),揭示出了5個新的NSCL/P易感區(qū)域。本研究即選取這5個易感區(qū)域的代表性單核苷酸多態(tài)位點[8q24.21(rs987525),20q12(rs13041247),17q22(rs227731),10q25.3(rs707816

4、0)和1p22.1(rs560426)]在中國寧夏地區(qū)回漢族人群中驗證它們與非綜合征型唇腭裂的相關(guān)性。
　　方法:收集了病例組非綜合征型唇腭裂患兒372例,其中漢族191例,回族181例,患兒父親205例,母親240例,完整3人核心家系158個。對照組收集在校正常大學(xué)生498例,其中漢族281例,回族217例。分別采用TaqMan基因型鑒定(TaqManSNPsgenotying)技術(shù)和聚合酶鏈反應(yīng)-限制性片段長度多態(tài)性(poly

5、merasechainreaction-restrictionfragmentlengthpolymorphism,PCR-RFLP)的技術(shù)檢測這5個SNPs的基因型,進(jìn)行病例對照分析,傳遞不平衡檢驗(TDT)和以家系為基礎(chǔ)的相關(guān)性分析(FBAT)。
　　結(jié)果:染色體20q12區(qū)域的rs13041247位點在本研究人群的單純唇裂組及唇裂伴或不伴腭裂組中基因型與等位基因頻率與對照組比較存在統(tǒng)計學(xué)差異(P=0.02,P=0.04,P=

6、0.01,P=0.04),而在單純腭裂組中不存在統(tǒng)計學(xué)差異(P=0.25,P=0.51)。染色體17q22區(qū)段的rs227731位點在漢族唇裂組和唇裂伴或不伴腭裂組中等位基因頻率與相應(yīng)對照組比較存在統(tǒng)計學(xué)差異(P<0.05),在漢族單純腭裂組和唇腭裂組及回族所有分組中與相應(yīng)對照組比較無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),在回漢族唇腭裂組等位基因和唇裂伴或不伴腭裂組基因型,等位基因比較均存在統(tǒng)計學(xué)差異(P=0.04,P=0.04,P=0.01);

7、1p22.1區(qū)段的rs560426位點在漢族唇裂組和唇裂伴或不伴腭裂組中基因型與等位基因頻率與相應(yīng)對照組比較存在統(tǒng)計學(xué)差異(P<0.05),在漢族單純腭裂組和唇腭裂組及回族所有分組中與相應(yīng)對照組比較無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),在回漢族單純唇裂組基因型,等位基因比較存在統(tǒng)計學(xué)差異(P=0.04,P=0.01);染色體10q25.3區(qū)段的rs7078160位點和染色體8q24區(qū)域的rs987525位點基因型與等位基因頻率與對照組比較及回漢

8、族相互比較均不存在統(tǒng)計學(xué)差異(P<0.05)。傳遞不平衡研究發(fā)現(xiàn)rs13041247位點C等位基因在單純唇裂組中存在過傳遞(P=0.03)。
　　結(jié)論:在寧夏人群中染色體20q12區(qū)段的rs13041247位點與非綜合征型唇腭裂有關(guān)聯(lián)。在寧夏漢族人群中染色體17q22區(qū)段的rs227731位點和1p22.1區(qū)段的rs560426位點單核苷酸多態(tài)性與非綜合征型唇腭裂有關(guān)聯(lián)。染色體10q25.3區(qū)段的rs7078160位點及染色體8q