脆性X綜合征致病基因FMR1第9內(nèi)含子區(qū)又一個新型隱匿外顯子及其鑒定.pdf

1、脆性X綜合征（fragile X syndrome, FXS）是一種常見的遺傳性智力低下疾病。其致病基因FMR1（fragile X mental retardation1 gene）位于染色體X27.3，目前報道有17個外顯子和16個內(nèi)含子，長38kb。研究表明，F(xiàn)MR1基因存在多種剪接方式，主要發(fā)生于外顯子12、14、15和17上。剪接方式的多樣性導致剪接異構體（splice isoform）的產(chǎn)生，而各種剪接異構體的功能尚有待研究

2、。鑒于FXS較高的發(fā)病率和臨床表現(xiàn)的復雜性，研究FMR1基因可變剪接可全面研究FMRP蛋白的功能，從而為闡明FXS的發(fā)病機制提供新的研究方向。
　　之前在一名疑似FXS病人的FMR1基因剪接產(chǎn)物外顯子9和10之間發(fā)現(xiàn)有一46bp的插入片段（NG_007529:24065-24111），經(jīng)比對確認其為FMR1基因內(nèi)含子9的部分片段并證實為一新型隱匿外顯子(crypticexon)。為研究此隱匿外顯子是否也存在于正常人中，采用克隆-測

3、序技術，從RNA途徑分析人FMR1基因的可變剪接表達。在其中一份正常人外周血 RT-PCR產(chǎn)物的53個 T克隆的測序結果中，發(fā)現(xiàn)4個T克隆均有140bp大小的插入片段（NG_007529:21452-21591），經(jīng)比對發(fā)現(xiàn)其也為內(nèi)含子9的一部分，且在46bp片段的上游。
　　針對新發(fā)現(xiàn)的140bp片段的剪接方式，本研究利用生物信息學技術對FMR1基因內(nèi)含子9序列進行剪接信號相關分析，結果顯示：該片段上下游具有四個經(jīng)典的剪接信號,

4、可能為另一新的隱匿外顯子。同時我們利用DAM AM軟件對多物種FMR1基因進行序列比對。結果顯示：在獼猴、黑猩猩、蘇門達臘猩猩的同源基因中具有相似的基因序列，但位置各有不同且個別堿基略有差別，而與人親緣性不高的大鼠及小鼠基因組則無相似的同源序列。
　　根據(jù)之前被發(fā)現(xiàn)且已證實為新型隱匿外顯子的46bp片段，推測其可能與上游的140bp片段在剪接過程中同時保留下來，產(chǎn)生兩類新的含有140bp片段的剪接產(chǎn)物，即140bp片段單獨保留和1

5、40bp片段與46bp片段共同保留（186bp）的剪接產(chǎn)物。為鑒定140bp外顯子及兩類新型剪接產(chǎn)物的存在，分別用巢式PCR和雜種小基因剪接實驗對其進行驗證。結果顯示，正常人外周血cDNA中普遍存在140bp和186bp插入片段，且5種組織即外周血（淋巴細胞）、甲狀腺組織、腦組織、子宮組織、胎盤組織cDNA中同樣存在這兩種插入片段。雜種小基因剪接實驗也證明存在這兩種剪接形式。
　　本研究在前面研究基礎上又發(fā)現(xiàn)一個新型隱匿外顯子和兩