轉(zhuǎn)錄因子和染色質(zhì)特征的分布特點(diǎn)及其關(guān)聯(lián).pdf

1、基因表達(dá)的調(diào)控涉及轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾和其他因素之間復(fù)雜的相互作用。轉(zhuǎn)錄因子和表觀遺傳修飾共同調(diào)節(jié)基因的表達(dá)，并在其中起到重要的作用，同時(shí)有研究表明，轉(zhuǎn)錄因子和表觀遺傳修飾之間有著密切聯(lián)系。表觀遺傳修飾和轉(zhuǎn)錄因子之間的研究表明染色質(zhì)中的某些因素作用于轉(zhuǎn)錄因子附近或轉(zhuǎn)錄起始位置;染色質(zhì)特性與共占有轉(zhuǎn)錄因子的研究依然還是受到許多因素限制，目前有很多種計(jì)算方法來(lái)衡量染色質(zhì)特征與轉(zhuǎn)錄因子之間的相關(guān)性來(lái)鑒定轉(zhuǎn)錄因子共占位點(diǎn)，但每種方法都有不同缺陷

2、。本文選擇兩個(gè)人類(lèi)細(xì)胞系，分別是來(lái)自ENCODE數(shù)據(jù)的人類(lèi)胚胎干細(xì)胞和人類(lèi)宮頸癌細(xì)胞，包括單獨(dú)轉(zhuǎn)錄因子和共占有轉(zhuǎn)錄因子共80個(gè)，研究不同的染色質(zhì)特征與轉(zhuǎn)錄因子的關(guān)系。首次提出chromatin state特征，結(jié)合染色質(zhì)特征包括DNaseⅠ、11種組蛋白修飾、DNA甲基化，利用統(tǒng)計(jì)分析的方法預(yù)測(cè)共占有轉(zhuǎn)錄因子，發(fā)現(xiàn)H3K27ac、H3K4me2、H3K4me3和H3K9ac是更可靠的預(yù)測(cè)因子，融合DNA甲基化可以把預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率提高2％左右