基于混沌模擬退火的RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的研究.pdf

1、RNA是生物遺傳信息的中間載體,參與蛋白質(zhì)合成,在細(xì)胞分化凋亡、生物發(fā)育、疾病發(fā)生等方面起著重要作用。RNA二級結(jié)構(gòu)是由堿基配對與核苷酸鏈折疊而成的莖環(huán)空間結(jié)構(gòu),其莖環(huán)結(jié)構(gòu)不僅可用于RNA功能分析,還可用于RNA三級結(jié)構(gòu)預(yù)測。因此,RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測具有重要意義。RNA二級結(jié)構(gòu)可通過物理實驗測定,但耗時長且成本高。借助生物信息學(xué)方法預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu),可加速認(rèn)識RNA分子空間結(jié)構(gòu)及其生物學(xué)功能。
　　 本論文探討基于混沌模擬退火

2、的RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測問題,主要工作包括:
　　 1、闡述RNA二級結(jié)構(gòu)的表達(dá)方式和形式化表示;
　　 2、描述RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的現(xiàn)有主要方法并總結(jié)各方法特點;
　　 3、基于混沌映射的隨機性,遍歷性特點和模擬退火的優(yōu)化能力,給出一個基于混沌模擬退火的RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測算法,通過控制混沌系統(tǒng)的軌道密度調(diào)節(jié)RNA序列上發(fā)生折疊的位置,以冷卻進(jìn)度表控制模擬退火過程,采用最小自由能作為目標(biāo)函數(shù)以預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)。