基于miRNA與環(huán)境因子的乳腺癌發(fā)病預(yù)測研究及miREN數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建.pdf

1、最近的研究表明，基因和環(huán)境是引起疾病特別是惡性腫瘤的最主要的因素。在基因中，miRNA是目前最新最熱點的研究對象；環(huán)境因素有alcohol，tobacco，hypoxia等。疾病相關(guān)的miRNA信息大多存在于文獻(xiàn)中，為了便于研究miRNA與疾病的關(guān)系，本文建立了包含疾病相關(guān)miRNA，環(huán)境因子以及疾病的數(shù)據(jù)庫miREN。
　　本文所作的工作主要是以下幾點：
　　第一，收集并閱讀有關(guān)文獻(xiàn)資料，手動整理文獻(xiàn)中miRNA，環(huán)境因子

2、以及疾病信息。針對大多數(shù)數(shù)據(jù)存在于文字描述中以及文獻(xiàn)中提供的數(shù)據(jù)冗余度較大且數(shù)據(jù)的格式也不統(tǒng)一的問題，對所整理的信息進(jìn)行詞匯校對，術(shù)語統(tǒng)一以及歸一化等預(yù)處理工作。
　　第二，構(gòu)建miREN（miRNA and Environment Database）在線數(shù)據(jù)庫查詢及更新程序。對miREN數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了需求調(diào)研分析，概要設(shè)計以及詳細(xì)設(shè)計。在以上工作的基礎(chǔ)上進(jìn)行編碼和測試。測試結(jié)果表明miREN數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)對數(shù)據(jù)的查詢是完整的準(zhǔn)確的高效

3、的。該數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建，可以為相關(guān)研究領(lǐng)域的研究者提供一個全面、方便的miRNA，環(huán)境以及疾病信息資源。
　　第三，從miREN數(shù)據(jù)庫中選取乳腺癌作為主要研究對象，對乳腺癌進(jìn)行是否病發(fā)的預(yù)測。考慮到支持向量機(jī)具有小樣本，稀疏性以及非線性擬合能力強等方面的優(yōu)勢，本文將SVM引入到乳腺癌的發(fā)病預(yù)測之中，并利用遺傳算法對SVM的參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化，通過仿真實驗發(fā)現(xiàn)改進(jìn)后的SVM模型在乳腺癌發(fā)病預(yù)測準(zhǔn)確率上提高了4.6154％。
　　第四，驗