耗散粒子動力學的平衡并行算法及實現.pdf

1、作為當今計算機發(fā)展炙手可熱的技術，并行計算及以其為基礎的云計算已經成為了解決大數據量，復雜運算問題的首選方法，越來越多的應用被從單機搬到了云端。并行計算的發(fā)展使得我們能更好的整合計算和存儲資源，擴大系統(tǒng)的計算和存儲能力。耗散粒子動力學（Dissipative Particle Dynamics，DPD）是一種基于介觀體系的分子模擬方法。如今，DPD已經被廣泛應用到高分子化學、生命科學等相關領域的研究中。但DPD所模擬的問題大多是大規(guī)模的

2、，完成一個普通的DPD模擬一般都要消耗大量的時間。為了有效的縮短DPD模擬的計算時間，本文將并行計算和DPD進行了結合，提出了耗散粒子動力學的平衡并行算法(BPDPD)，經高性能計算集群上的實際測試，不但能有效的縮短DPD的計算時間，還能很好的平衡各計算節(jié)點間的負載，并減少計算節(jié)點間消息傳遞的信息量。
　　 本文首先對DPD的基本原理以及并行計算的理論與實現做了簡要的介紹，隨后詳細說明了耗散粒子動力學模擬的平衡并行算法，及其實現