癌癥基因組數(shù)據(jù)可視化研究分析平臺(tái)開發(fā)及實(shí)現(xiàn).pdf

1、隨著生命科學(xué)的迅猛發(fā)展和測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，人們逐漸可以從基因的層面去分析癌癥的致病機(jī)理。對(duì)測(cè)序產(chǎn)生的基因芯片數(shù)據(jù)的分析和可視化已成為生命科學(xué)領(lǐng)域最重要的課題之一，癌癥基因組數(shù)據(jù)可視化技術(shù)在基因序列分析，遺傳密碼解讀，復(fù)雜疾病研究等方面具有重要意義。
　　本文分析了一些主流的癌癥基因組瀏覽器的優(yōu)缺點(diǎn)，對(duì)它們的可視化形式進(jìn)行分析，并建立自己的可視化系統(tǒng)。我們的可視化系統(tǒng)采用B/S結(jié)果，將可視化工作分配給前端瀏覽器，并采用HTML5 Ca

2、nvas技術(shù)來進(jìn)行前端可視化工作，服務(wù)器后臺(tái)則主要存儲(chǔ)數(shù)據(jù)腳本，實(shí)現(xiàn)了一定程度上的負(fù)載均衡。
　　原始數(shù)據(jù)包括拷貝數(shù)、DNA甲基化、基因表達(dá)、基因突變等，它們主要來源于UCSC Cancer Browser初步處理過的TCGA level3數(shù)據(jù)。對(duì)于所有的原始數(shù)據(jù)，我們按照存儲(chǔ)格式的不同將它們分為兩類，并分別應(yīng)用不同的預(yù)處理方法進(jìn)行處理。對(duì)于copy number型數(shù)據(jù)的切分，由于不同的樣本track采用不同的切分方案，我們采用一