基于組蛋白修飾信息和DNA序列預(yù)測增強(qiáng)子的研究.pdf

1、近幾十年來，隨著高通量測序技術(shù)、新一代測序技術(shù)的不斷發(fā)展，表觀遺傳學(xué)的研究越來越深入?；虮磉_(dá)調(diào)控一直是表觀遺傳學(xué)的研究熱點(diǎn)，從DNA轉(zhuǎn)錄期到后期一系列的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄，基因表達(dá)受到各種調(diào)控因子的影響，最終決定了細(xì)胞的生長過程。其中，增強(qiáng)子是一種重要而又必需的順式作用元件，和啟動子、沉默子等元件相互作用，調(diào)控基因的表達(dá)，有效提高了基因轉(zhuǎn)錄效率。隨著ChIP-Chip以及ChIP-Seq測序技術(shù)的發(fā)展和成熟，越來越多的實(shí)驗(yàn)著手研究增強(qiáng)子與DN

2、A序列、蛋白質(zhì)以及組蛋白修飾之間的聯(lián)系。研究證明，增強(qiáng)子具有一定的序列保守性，并且周圍的組蛋白修飾呈現(xiàn)特異的分布規(guī)律，這些組蛋白修飾改變了染色體的結(jié)構(gòu)特性，從而影響了基因的表達(dá)調(diào)控。如何定位基因組上增強(qiáng)子的位置，有助于了解人的基因表達(dá)調(diào)控并且推進(jìn)表觀遺傳學(xué)的研究。
　　由于增強(qiáng)子具有序列保守性，進(jìn)行預(yù)測時(shí)，考慮增強(qiáng)子相關(guān)的DNA序列信息，有助于提高對保守性增強(qiáng)子的預(yù)測性能。鑒于此，本文提出了基于組蛋白修飾信息和DNA序列預(yù)測增強(qiáng)子

3、的方法。文章介紹了如何利用單SVM模型進(jìn)行增強(qiáng)子預(yù)測，并對預(yù)測結(jié)果進(jìn)行相應(yīng)的分析。考慮單SVM模型的不足之處，第三章對訓(xùn)練集以及算法進(jìn)行改進(jìn)，選取包含了DHS位點(diǎn)的訓(xùn)練集，并利用隨機(jī)子空間法，在不同的組蛋白修飾空間上構(gòu)建多個(gè)子分類器，通過投票決定最終的分類結(jié)果，得到了預(yù)測的增強(qiáng)子集合。
　　該算法不僅考慮了組蛋自修飾信息對增強(qiáng)子的影響，并加入了相應(yīng)的DNA序列信息，利用兩種不同方面的特征進(jìn)行增強(qiáng)子預(yù)測，提高了預(yù)測集在p300重疊比