煙草中PIP和SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)及其應(yīng)用的研究.pdf

1、普通煙草(Nicotiana tabacum L)主栽品種的遺傳背景狹窄，形態(tài)學(xué)上相似程度高，迫切需要從分子水平上鑒定。本研究利用煙草公共序列數(shù)據(jù)和已經(jīng)拼接好的煙草EST數(shù)據(jù)，通過(guò)生物信息學(xué)方法，在煙草中設(shè)計(jì)了大量的PIP和SSR標(biāo)記，并合成其中部分引物進(jìn)行遺傳多樣性分析，以及建立煙草主栽品種指紋圖譜，獲得以下結(jié)果:
　　 1、開(kāi)發(fā)了12，388個(gè)PIP分子標(biāo)記和76，848個(gè)SSR分子標(biāo)記。將這些分子標(biāo)記的信息都已經(jīng)上傳到數(shù)據(jù)

2、庫(kù)網(wǎng)站(http://yancao.sdau.edu.cn/tgb/)上供免費(fèi)下載。
　　 2、e-PCR結(jié)果表明，PIP和SSR標(biāo)記廣泛分部在整個(gè)煙草基因組上，兩種標(biāo)記交叉重疊率為1.68％，98.32％均勻分布在其基因組上。其中每10kb出現(xiàn)的頻率PIP標(biāo)記是3.07對(duì)，SSR標(biāo)記是1.72對(duì)。
　　 3、從數(shù)據(jù)庫(kù)中，分別隨機(jī)挑選22對(duì)PIP和SSR標(biāo)記對(duì)64份煙草種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳多樣性分析，PIP和SSR標(biāo)記分別檢

3、測(cè)到153個(gè)和166個(gè)等位位點(diǎn)，兩種標(biāo)記擴(kuò)增產(chǎn)物平均長(zhǎng)度分別為159.1bp和498bp。SSR標(biāo)記的PIC值平均為0.656，高于PIP標(biāo)記(0.540)。對(duì)于擴(kuò)增到的稀有位點(diǎn)數(shù)(出現(xiàn)頻率小于0.05)PIP和SSR標(biāo)記擴(kuò)增數(shù)量相差不多，分別為0.32個(gè)和0.35個(gè)。但出現(xiàn)頻率小于0.01的稀有位點(diǎn)數(shù)，PIP標(biāo)記平均每個(gè)位點(diǎn)分別擴(kuò)增到2.0個(gè)位點(diǎn)明顯多于SSR標(biāo)記的0.7個(gè)。
　　 4、聚類結(jié)果表明，由于PIP標(biāo)記在普通煙草種

4、內(nèi)遺傳相似系數(shù)高，不能很好的區(qū)分種內(nèi)材料，而SSR在普通煙草種內(nèi)多態(tài)性較高，彌補(bǔ)了PIP標(biāo)記的不足。但是，SSR標(biāo)記過(guò)高的多態(tài)性不適合種間的分類，而PIP標(biāo)記跨物種的保守性相對(duì)SSR標(biāo)記要高，適合種間的聚類分析。故兩種標(biāo)記聯(lián)合使用可充分發(fā)揮各自的優(yōu)點(diǎn)。
　　 5、從62對(duì)候選SSR引物中篩選出21對(duì)多態(tài)性高、穩(wěn)定性好的引物作為核心引物，構(gòu)建9份煙草主栽品種DNA指紋圖譜;共擴(kuò)增出125個(gè)基因位點(diǎn);各個(gè)品種之間遺傳相似系數(shù)變化范圍