家蠶蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的創(chuàng)建和應用.pdf

1、蛋白質(zhì)組學是后基因組時代的一門學科，它研究如何識別和量化的蛋白質(zhì)，并描述其功能，結(jié)構(gòu)和相互作用。蛋白質(zhì)組學的研究目標使其相對于其它學科更需要有效的組織和獲取之前的實驗或者理論文獻和數(shù)據(jù)。雙向電泳是蛋白質(zhì)組學研究的一種重要手段，一方面可以與各種鑒定方法，如質(zhì)譜相結(jié)合，系統(tǒng)地鑒定樣品中的蛋白質(zhì)，另一方面可以用來比較相關(guān)的樣品中的蛋白質(zhì)，如健康與病變組織的蛋白質(zhì)，或者同一組織中的蛋白質(zhì)在不同環(huán)境條件下的表達量變化情況，被廣泛用于蛋白質(zhì)組學研究

2、中。因此，對于雙向電泳數(shù)據(jù)的有效整理和歸納在蛋白質(zhì)組學研究中是一個重要的問題。
　　 開發(fā)和實現(xiàn)各種工具，以有效的訪問和管理各種不同類型的生物學信息是生物信息學的研究方向之一。蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫作為分子生物學中最早創(chuàng)建的數(shù)據(jù)資源，如今已包含了非常豐富的內(nèi)容。了解并能自如的運用這些資源對于蛋白質(zhì)組學的研究工作，尤其是新的蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)庫的建立是很有必要的。另外，數(shù)據(jù)庫的建立也需要參照一些國際通用的標準，以方便其它研究者的查詢和引用。

3、r>　　 家蠶作為鱗翅目昆蟲理想的模式生物，已經(jīng)建立完成了基因組精細圖譜，并且也積累了蛋白質(zhì)組學研究，尤其是雙向凝膠電泳上的許多數(shù)據(jù)。將這些數(shù)據(jù)歸類整理并建庫，對家蠶蛋白質(zhì)組學研究有著非常重要的意義。
　　 因此，我們建立了家蠶蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)(SWPDB)，在吸收同類型數(shù)據(jù)系統(tǒng)的特點基礎上，基于MySQL關(guān)系數(shù)據(jù)庫軟件，Ruby語言和Rails框架，對雙向電泳實驗和圖譜，LC-MS/MS實驗，和鑒定得到的蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)實現(xiàn)了快

4、速錄入，編輯已有數(shù)據(jù)，和數(shù)據(jù)展示，查詢功能。并且，數(shù)據(jù)庫實現(xiàn)了與家蠶基因組數(shù)據(jù)庫SilkDB2.0的整合和NCBI蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)索引的交叉引用功能。同時數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)具有良好的權(quán)限控制粒度，可以設定用戶對數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)的編輯，添加，或者查看的權(quán)限;數(shù)據(jù)庫也集成了本地化的功能，可以將網(wǎng)頁以不同語言提供給用戶使用。
　　 同時，我們已經(jīng)收錄了家蠶大造品種(P50)胚胎形成期的卵，5齡第3天中部，后部絲腺，血液，中腸，表皮，氣管，精巢，5齡第5