版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)
文檔簡(jiǎn)介
1、梨(Pyrus)栽培種主要分為東方梨(P.bretschneideri)和西洋梨(P.communis)兩大類群,‘碭山酥梨’和‘巴梨’分別是兩個(gè)類群的代表性品種,均已完成全基因組測(cè)序,本研究開展比較基因組研究有利于揭示東西方梨在遺傳組成上的差異。MicroRNA(miRNA)是一種小的、內(nèi)源性的RNAs,已有廣泛研究表明miRNA能參與植物的生長(zhǎng)發(fā)育。本研究以東西方梨基因組測(cè)序數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),分析討論了兩個(gè)梨品種基因結(jié)構(gòu)變異乖果實(shí)品質(zhì)性狀
2、差異;此外,對(duì)‘碭山酥梨’果實(shí)發(fā)育中的miRNA進(jìn)行鑒定,預(yù)測(cè)了miRNA靶向的基因及所參與的梨果實(shí)發(fā)育的代謝通路,并重點(diǎn)分析了miR397與果實(shí)石細(xì)胞發(fā)育的關(guān)系,主要結(jié)果如下:
1.利用生物信息學(xué)方法對(duì)‘碭山酥梨’(Pyrus bresteschneideri)和‘巴梨’(Pyruscommunis)進(jìn)行比較基因組研究。在兩個(gè)基因組中共得到7,512個(gè)共線性區(qū)塊,并鑒定到57,157個(gè)基因插入與缺失變異和8,134個(gè)基因家族
3、拷貝數(shù)變異,通過進(jìn)化關(guān)系的分析估算出東西方梨的分化時(shí)間為6.4Mya。根據(jù)與果實(shí)品質(zhì)相關(guān)的基因分類信息,解析了兩者在果實(shí)糖、酸、木質(zhì)素、香氣等品質(zhì)性狀的差異及其相關(guān)基因變異的關(guān)系。
2.利用Illumina HiSeq2000測(cè)序平臺(tái)和生物信息學(xué)技術(shù)方法,對(duì)梨果實(shí)發(fā)育不同階段的miRNA進(jìn)行了鑒定和表達(dá)譜分析,并結(jié)合實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)對(duì)測(cè)序得到的miRNA的表達(dá)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。從果實(shí)6個(gè)不同發(fā)育時(shí)期的樣本構(gòu)建的smallRN
4、A文庫(kù)中共得到了19,030,925至25,576,773條不等的總reads,鑒定出了362個(gè)保守的和297個(gè)新的梨果實(shí)中的miRNA。在10kb和100 kb的范圍內(nèi)分別鑒定到14個(gè)和66個(gè)miRNA簇。分析顯示,包括miR395、miR399、miR156等在內(nèi)的8個(gè)miRNA在12個(gè)物種中具有較高的保守性。
3.基于測(cè)序鑒定到的梨果實(shí)中的miRNA,著重分析參與梨果實(shí)發(fā)育及相關(guān)代謝通路中的miRNA及其功能。miRNA
5、表達(dá)譜分析顯示在梨果實(shí)不同發(fā)育時(shí)期里平均有90個(gè)miRNA具有顯著的表達(dá)差異。經(jīng)生物信息學(xué)分析預(yù)測(cè)得到了188個(gè)保守miRNA的2,216個(gè)靶基因和184個(gè)新的miRNA的1,127個(gè)靶基因。與KEGG、GO數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),注釋到有11個(gè)miRNA推測(cè)參與木質(zhì)素生物代謝,有9個(gè)miRNA參與糖酸代謝,還有一些miRNA會(huì)參與調(diào)控激素信號(hào)。
4.以鑒定到的可能參與石細(xì)胞合成調(diào)控的miR397為研究對(duì)象,分析miR397在‘紅香酥’果
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫(kù)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
- 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 基因、基因組和基因組學(xué)
- 無參考基因組的比較基因組學(xué)研究.pdf
- 比較基因組學(xué)ppt培訓(xùn)課件
- 乙烯誘導(dǎo)柑橘果實(shí)脫落的轉(zhuǎn)錄基因組學(xué)研究及乙烯誘導(dǎo)基因的克隆和鑒定.pdf
- 藍(lán)藻轉(zhuǎn)錄因子比較基因組學(xué)研究.pdf
- 基因組學(xué)題庫(kù)
- 植物miRNA基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及intronic miRNA分析.pdf
- 釀酒酵母的比較功能基因組學(xué)研究和遺傳育種.pdf
- 木質(zhì)纖維素降解真菌斜臥青霉的比較基因組學(xué)與功能基因組學(xué)研究.pdf
- 水稻和大麥耐鹽性的比較基因組學(xué)研究
- 竹稻雜交及比較基因組學(xué)研究.pdf
- 東西方藝術(shù)直感比較
- 東西方空間語言比較研究.pdf
- 比較基因組學(xué)平臺(tái)的設(shè)計(jì)與構(gòu)建.pdf
- 胸膜肺炎放線桿菌和豬瘟病毒的基因組測(cè)序與比較基因組學(xué)研究.pdf
- 臨床分離的Janibacter全基因組從頭測(cè)序及比較基因組學(xué)研究.pdf
- 碭山酥梨果實(shí)PAL酶學(xué)特性的研究及PAL基因克隆.pdf
- 肺炎克雷伯菌耐藥質(zhì)粒的比較基因組學(xué)研究.pdf
- 東西方傳統(tǒng)服飾紋樣比較研究.pdf
- 多重耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌基因組與“耐藥島”的比較基因組學(xué)研究.pdf
評(píng)論
0/150
提交評(píng)論