水稻86,136EST的功能注釋、表達(dá)圖譜比較及可變剪接形式分析.pdf

1、復(fù)旦大學(xué)博士學(xué)位論文水稻86136EST的功能注釋、表達(dá)圖譜比較及可變剪接形式分析姓名：周雁申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專(zhuān)業(yè)：遺傳學(xué)指導(dǎo)教師：李昌本黃谷揚(yáng)2002.5.28摘要運(yùn)用在基因組項(xiàng)目中成熟起來(lái)的高通量測(cè)序技術(shù)使得EST測(cè)序項(xiàng)目及其數(shù)據(jù)分析已經(jīng)成為基因識(shí)別的有力工具。EST數(shù)據(jù)分析可以為我們提供關(guān)于基因功能與表達(dá)的重要信息，特別是在與基因組序列一同分析時(shí)，我們可以得到更有價(jià)值的信息。水稻是世界上最重要的糧食作物之一。我們對(duì)86，136條水

2、稻EST序列進(jìn)行測(cè)序，并且對(duì)其基因功能、表達(dá)譜和水稻的剪接形式變化進(jìn)行了分析。(在分析’過(guò)程中，我們綜合了所有的水稻EST(包括公共數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的水稻EST)和水稻基因組數(shù)據(jù)。我們做了嚴(yán)格的文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估，序列質(zhì)量評(píng)估，測(cè)序進(jìn)度評(píng)估，序列拼接檢測(cè)，功能預(yù)測(cè)及分類(lèi)，表達(dá)量分析和剪接形式分析等工作。其中，文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估比以前的工作詳細(xì)得多，使用了新的錯(cuò)拼識(shí)別機(jī)制與拼接質(zhì)量評(píng)估流程，將可能錯(cuò)拼的序列重新拼接，并且借助于基因組序列信息對(duì)拼接結(jié)果進(jìn)行

3、了合并，盡最大可能保證拼接的正確性。我們?cè)跍y(cè)序進(jìn)度評(píng)估中加入了參考序列庫(kù)，使得評(píng)估更加靈敏。我們所使用的基因功能分類(lèi)方法也是與國(guó)內(nèi)外研究同步的，一直到最近才有相關(guān)報(bào)道[901。植物剪接形式數(shù)據(jù)庫(kù)(PASDB)是唯一也是第一個(gè)針對(duì)綠色植物剪接形式變化的數(shù)據(jù)庫(kù)。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)幾乎涵蓋了所有已報(bào)道的植物可變剪接并且運(yùn)用數(shù)據(jù)可視化的方法使剪接形式的變化一目了然，為進(jìn)一步在預(yù)測(cè)水稻中的可變剪接打下了扎實(shí)的基礎(chǔ)。在剪接形式變化的物種橫向比較中，我們?cè)谒?/p>

4、稻中發(fā)現(xiàn)了一些新的剪接形式變化。比如，dTDP—Dglucose46一dehydratase可能在3’端具有可變剪接。與此同時(shí)，還開(kāi)發(fā)了～些高通量，高穩(wěn)定性與高準(zhǔn)確性的分析軟件將這些分析過(guò)程自動(dòng)化。這些分析軟件大量利用基因組序列信息幫助分析，并且可直接擴(kuò)展為基因組信息分析平臺(tái)。其中UniBlast，一個(gè)BLAST結(jié)果后處理程序完全由作者設(shè)計(jì)與完成。功能注釋系統(tǒng)由作者設(shè)計(jì)(功能，數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，程序結(jié)構(gòu)等等)與集成。PASDB的功能設(shè)計(jì)，主要技